Uniprot https://www.uniprot.org/ | 信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大数据库的数据组合而成 |
NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ | |
| Conserved Domains | 蛋白质保守结构域数据库，是关于蛋白质功能单元注释的资源 |
| Protein | 包含GenBank，RefSeq，TPA，SwissProt，RIP，PDB等数据库中的序列 |
| Protein cluster | 包括完整的原核生物基因组和叶绿体基因组编码的RefSeq蛋白质序列 |
| Structure | 数据来源于PDB的蛋白质结构数据库，并将结构数据链接到书目信息、序列数据库和NCBI的Taxonomy中，运用3D结构浏览器和Cn3D，可以从Entrez获得分子间相互作用的图像 |
PDB http://www.rcsb.org/ | 生物大分子(如蛋白质和核酸)数据库,包括由全世界生物学家和生物化学家上传的蛋白质或核酸的X射线晶体衍射或者NMR核磁共振结构数据。从PDB的网站上，可以通过蛋白质的编号查找到相应的3D结构，并通过PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等软件查看、编辑 |
InterPro http://www.ebi.ac.uk/interpro/ | 整合了CATH、CDD、PRINTS、Pfam等多个数据库，并去掉冗余数据，对蛋白质家族预测、结构域和结合位点预测进行注释 |
Brenda https://www.brenda-enzymes.org/ | 包括酶促反应、特异性、动力学参数、结构和稳定性等蛋白质功能数据及基因组序列信息 |
BKMS-react http://bkm-react.tu-bs.de/ | 包括酶促反应、动力学参数、实验条件和代谢途径等信息 |
EzCatDb http://ezcatdb.cbrc.jp/EzCatDB/ | 包括酶促反应、辅因子、中间代谢产物、催化活性结构域和结构等信息 |
M-CSAb https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/m-csa/browse/ | 对催化残基、辅助因子和反应机理的注释 |
FireProt https://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprotdb/ | 包括序列突变后导致的热稳定性变化数据 |
ProTherm https://www.iitm.ac.in/bioinfo/ProTherm/ | 包括序列突变后导致的热稳定性变化数据 |
eSOL http://tanpaku.org/tp-esol/index.php?lang=en | 基于蛋白质翻译和离心条件推测蛋白质溶解度 |
SoluProtMut https://loschmidt.chemi.muni.cz/soluprotmutdb/ | 包括序列突变后导致的溶解性变化数据 |
TargetTrack http://dx.doi.org/10.5281/zenodo.821654 | 蛋白质溶解性数据库 |
ProtaBank https://protabank.org/ | 包括各种突变后的蛋白质序列信息 |
hPDB http://hackage.haskell.org/package/hPDB | 可动态展示生物大分子立体结构 |
KEGG https://www.kegg.jp/ | 整合基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来 |
PMD http://www.proteinmicroarray.cn/ | 蛋白质突变数据库 |
Pfam http://pfam.xfam.org/ | 蛋白质家族数据库，蛋白质家族以多序列比对和隐马尔科夫模型的形式表示 |
FIGFAMs http://blog.theseed.org/servers | 基于人工注释的来源于不同细菌，古菌等生物的蛋白质序列构成，同功能蛋白质组合为相应的集合 |
PRINTS http://bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS | 蛋白质Motif数据库 |
CATH http://cathdb.info/ | 以蛋白质结构域层次组织的包含类型（C）、架构（A）、拓扑学（T）和同源超家族的数据库 |
SCOP http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/ | 蛋白质结构分类 |
CCDC https://ccdc.cam.ac.uk/ | 剑桥晶体中心数据库 |
SWISS-3DIMAGE http://us.expasy.org/sw3d/ | 蛋白质及其他生物分子的三维图像 |
BioMagResBank http://www.bmrb.wisc.edu/ | 蛋白质、氨基酸和核苷酸的核磁共振数据库 |
SWISS-MODEL Repository http://swissmodel.expasy.org/repository/ | 自动产生蛋白质模型的数据库 |
PROTOMAP https://www.scripps.edu/cravatt/protomap/ | Swiss-Prot蛋白质自动分类系统 |
iProClass http://pir.georgetown.edu/iproclass/ | 蛋白质分类数据库 |
TIGRFAM http://www.tigr.org/TIGRFAMs/ | 蛋白质家族数据库 |
OWL http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/OWL/ | 非冗余蛋白序列数据库，由SWISS-PROT、PIR、GenBank（由其编码序列翻译而成的氨基酸序列）和NRL-3D一级序列数据库集合而成 |
3DID http://3did.irbbarcelona.org | 包括3D结构已知的蛋白质的互作信息 |
DOMINE http://manticore.niehs.nih.gov/cgi-bin/Domine | 蛋白质结构域互作数据库 |
PiSite http://pisite.hgc.jp | 以PDB为基础，可在蛋白序列中搜寻互作位点 |
Binding MOAD http://www.BindingMOAD.org | 提供蛋白质-配体晶体结构数据信息 |
Phospho.ELM http://phospho.elm.eu.org | 蛋白质磷酸化位点数据库 |
STITCH http://stitch.embl.de/ | 蛋白质-化合物作用网数据库 |
Reactome http://www.reactome.org | 人体生命活动路径与过程数据库，提供生化过程网络图，并对参与其中的蛋白质分子有详细注解，与其他数据库如UniPort、KEGG、OMIM等建立了广泛的交叉应用 |
UniHI http://www.unihi.org | 人体蛋白质-蛋白质相互作用数据库 |
Bionemo http://bionemo.bioinfo.cnio.es | 包括与生物降解代谢相关的蛋白质、基因数据，包括蛋白序列、结构域、结构；基因序列、调控元件、转录单元等信息。除此之外还包括生物降解的代谢路径图、相关生化反应等 |
CAZy http://www.cazy.org/ | 碳水化合物活性酶数据库，包括能够合成或者分解复杂碳水化合物的酶类 |
LED http://www.led.uni-stuttgart.de/ | 脂肪酶工程数据库，整合了脂肪酶的结构域序列信息 |
MEROPS https://www.ebi.ac.uk/merops/ | 肽酶数据库，同时也包括一些蛋白质类肽酶抑制剂的信息 |
PLANT-PIs http://plantpis.ba.itb.cnr.it/ | 植物蛋白酶抑制剂及相关基因信息 |
PROSPER https://prosper.erc.monash.edu.au | 基于序列预测24个不同蛋白酶家族的催化底物和切割位点 |
CPDB 140.113.15.73/～lab/deprecated/cpdb-2009/ | 利什曼原虫中半胱氨酸蛋白酶注释数据库 |
SABIO-RK http://sabio.h-its.org/ | 包括生化反应动力学参数的数据库 |