“可折叠性”在酶智能设计改造中的应用研究—以AlphaFold2为例

孟巧珍, 郭菲

Application of "foldability" in the intelligent of enzymes engineering and design： take AlphaFold2 for example

Qiaozhen MENG, Fei GUO

图1 结构预测工具在酶智能设计改造中的四个具体应用方向 （1PLDDT （predicted local distance difference test）： 描述每个残基预测的局部置信度，局部结构指标，0-100，越大越好2PAE （predicted aligned error）： 估计氨基酸在每一个位置上的误差，成对计算指标3Disfavoured： 反应预测序列类型于当前结构微环境的“适配性”4TMscore （template modeling score）： 衡量蛋白质结构间的相似度，全局结构指标，0-1，越大越好5RMSD （root-mean-square deviation）： 表示两个蛋白结构对齐后的结构差异，一般认为小于2Å预测准确。越小越好（图中展示的代表性方法分别按照1，2，3三部分从上至下摘自文献［43，45］，［42-43］，［86-87］））

Fig. 1 Four specific aspects for the application of structure prediction tools in the intelligent design and transformation of enzymes