基于DNA的活细胞分子记录器技术，通过诱导可遗传的DNA变异，为细胞历史的追溯提供了一种创新手段。作为新一代细胞谱系追踪方法的代表，该技术能够与单细胞测序、多组学测序等技术相集成，帮助科研人员重构细胞发育分化路径及肿瘤起源的谱系发生树，是探究这些核心生物学议题的有效平台。本综述系统性回顾了自2016年以来基于Cas9的分子记录器在谱系追踪领域的技术演变轨迹与应用进展，同时综合分析了一些新型分子记录器的研究动态，并对其优势与局限性进行了评估。自2016年以来，以CRISPR-Cas9系统为核心的分子记录器取得了显著进展，并逐渐成为该领域的主流技术，研究人员在优化编辑效率和增加记录位点等方面进行了充分的探索。尽管如此，以Cas9为基础的分子记录器仍面临CRISPR-Cas9系统固有的限制与挑战，例如DNA双链断裂带来碱基缺失，进而引起记录信息丢失。这促使研究者们探索开发新型分子记录器，以期作为谱系追踪的更高效精准的工具。先导编辑器、DNA结合蛋白融合碱基编辑器以及T7转录聚合酶融合碱基编辑器等基于新原理的分子记录器能够避免DNA双链断裂，以碱基替换而非碱基缺失的形式写入信息。相较于Cas9系统，它们展现出独特优势，同时也伴随着潜在的风险与挑战。先导编辑器可以以时间顺序的方式记录信息，但脱靶效应仍然是一个问题。DNA结合蛋白融合碱基编辑器提高了编辑效率和特异性，但它们在不同细胞类型中的有效性需要进一步探索。T7 RNA聚合酶融合碱基编辑器已经在体内定向进化系统中取得了成功，但它们目前在哺乳动物系统中的应用仍然有限。未来，基于DNA的分子记录器的研究应着重于优化编辑效率、降低信息丢失率、提高谱系恢复效率，并探索其在复杂生物系统中的应用潜力。