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合成生物学
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2020
2021
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2023
2022
2021
2020
卷
期
作者
作者单位
期刊
出版年
genB4
和
genK
敲除菌株构建及HPLC-ELSD分析
genQ
敲除菌株构建及HPLC-ELSD分析
genP
过表达同源重组菌株构建及产量测定
genP
过表达位点整合型菌株构建及产量测定
M. echinospora
J1-020接合转移条件摸索
本研究中使用的寡核苷酸引物
本研究中使用的菌株和质粒
庆大霉素生物合成途径
BERiPPs与RiPPMiner及antiSMASH对比
不同损失函数下的部分RiPPs类别预测结果对比
不同训练方式下的BERiPPs和DeepRiPP在预测RiPPs类别上的结果对比
（因测试集中各类RiPPs样本数量不同，故将混淆矩阵中的数值进行归一化处理，再根据四舍五入原则精确到小数点后一位）
各模型对特定RiPPs家族识别结果对比
不同算法在RiPPs前体肽识别任务上的效果对比
BERT预训练层的初始化
模型输入表示及结构
基于BIO规则的序列标注示例
根据ORF长度识别RiPPs前体肽
RiPPs的生物合成途径
（图中各部分序列比例仅作图示用，不代表其实际长度）
酵母萜类合成模块设计及代谢途径快速原型
基于无细胞生物合成体系的快速途径原型原理图
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