Fig. 2
The pathway of uric acid production in the human body and corresponding LBP treatment program
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高尿酸血症(Hyperuricemia, HUA)是一种常见的代谢性疾病,由体内尿酸过度积累导致。尿酸在人体内由黄嘌呤和次黄嘌呤通过黄嘌呤氧化酶的氧化作用产生(图2)。然而,人体内源尿酸氧化酶(UOX)因发生无义突变而失活,无法降解尿酸。人体内的尿酸主要由肾脏排出体外,但约有1/3的尿酸通过肠道排出[21-22]。目前,高尿酸血症的治疗主要是通过黄嘌呤氧化酶抑制剂来减少尿酸的产生,但该类药物存在一定毒副作用[23]。因此,有待一种高效且毒副作用小的治疗方法治疗或缓解高尿酸血症。
促进尿酸的代谢是治疗HUA的关键,且肠道中存在一定的尿酸积累。因此构建活体生物药异源表达尿酸氧化酶是一种可行的降尿酸策略。2022年,夏永振团队在天然益生菌EcN中设计了尿酸降解途径[24](图2)。研究人员异源表达了来自枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的尿酸氧化酶PucL和PucM。经过PucL和PucM的酶促反应,尿酸最终转化为对人体无害的尿囊素。为促进尿酸在工程菌内的富集和转化,研究团队引入了尿酸转运蛋白YgfU、大肠杆菌过氧化氢酶KatG(可降解反应中产生的过氧化氢)和细菌血红蛋白VHb(提供氧气作为电子受体)。体外研究表明,重组EcN菌株可在常氧和缺氧条件下有效降解UA。动物实验表明,该菌株能高效降解HUA小鼠模型肠道和血液中的尿酸。此外,胡杨波团队于2022年的研究揭示了细菌中尿酸酶的亚细胞定位对其活性具有显著影响[25]。该团队以产朊假丝酵母NRRL Y-1542(Cyberlindnera jadinii)来源的尿酸氧化酶基因为研究对象,通过融合不同的分泌信号肽,探究了尿酸氧化酶在不同空间位置的活性表现。结果表明,将FtsP信号肽与尿酸氧化酶融合,使其在EcN的周质空间表达,能够显著提高尿酸降解效率。通过分析EcN的转录组数据,研究人员还发现了一个自身转录极低但周围高度转录的非编码区。据此,研究人员将编码尿酸酶的基因片段插入到相应位点,构建了EcN C6(图2)。该菌株具有周质尿酸酶的隔离表达,可在体外降解尿酸。通过高尿酸血症大鼠和小鼠的体内实验,研究人员验证了EcN C6菌株能降低血清尿酸水平、缓解肾脏炎症和损伤、改善肠道菌群失调。
HUA的病理基础是尿酸的过度积累。因此,减少嘌呤向尿酸的转化也是治疗HUA的有效策略之一。张雁团队已鉴定并表征了梭菌属和部分细菌中编码厌氧嘌呤分解途径的基因簇[26]。其中,嘌呤分解酶XnhA和XnhB可直接厌氧降解黄嘌呤,从而规避尿酸的生成。基于此,研究团队将二者引入EcN,并通过CRISPR辅助同源重组引入了黄嘌呤转运酶基因xanQ、鸟嘌呤脱氨酶基因guaD以及嘌呤/次黄嘌呤通透酶基因ghxQ,最终得到菌株CarBT4gout_1.0(图2)。研究表明,口服补充CarBT4gout_1.0可使高尿酸血症黑腹果蝇模型尿酸水平下降59%,有效降低了尿酸盐结核的形成。该研究不仅挖掘了降解嘌呤的全新基因簇,而且证实了活体生物药减少嘌呤向尿酸转化是降解尿酸的有效方案。2024年,叶邦策团队在EcN中过表达了黄嘌呤转运蛋白(XanQ),以提高其对黄嘌呤的吸收能力[27]。研究人员通过计算生物学分析XanQ后,对其进行饱和突变以筛选高活性变体。随后,通过启动子工程和RBS工程优化突变XanQ蛋白的表达水平,最终得到工程益生菌YES301(图2)。与野生型菌株相比,其黄嘌呤和次黄嘌呤转运能力分别增加了8.6倍和4.0倍。高尿酸血症小鼠模型口服YES301后,其血清尿酸水平显著降低至生理范围内,同时小鼠的肾脏损伤得到缓解。重要的是,YES301表现出与临床药物别嘌呤醇相当的疗效,且副作用更少、生物相容性更高。该研究同样证实了通过LBP减少嘌呤向尿酸转化是可行的策略。
目前,活体生物药开发所用到的底盘种类有限,且部分底盘缺少高效的工具或系统.但随着活体生物药展现出巨大潜力,越来越多的研究团队开始拓展可应用于活体生物药的益生菌,同时开发相关的遗传工具与系统[ 39].本文将从底盘选择与改造、遗传电路设计两个方面进行概述. ... CBT102-A by CommBio Therapeutics for Phenylketonuria (PKU): Likelihood of Approval 1 ... 目前,PKU的活体生物药已通过初步的临床试验和动物试验验证其有效性.前述工程菌株SYNB1934和SYNB1618已完成Ⅱ期临床试验,结果显示SYNB1618和SYNB1934分别可降低血浆苯丙氨酸约20%和34%.试验过程中未观察到与药物相关的不良反应[15-16].2023年,SYNB1934进入了第三阶段临床研究(Synpheny-3试验).然而,2024年Synlogic基于内部审查评估结果宣布中止这一实验.评估表明试验不太可能达到其主要终点,并非出于对安全性或耐受性的担忧[17].虽然该药物无法正式上市进入临床治疗,但这一研发工作获得了广泛认可,并为开发治疗其他代谢性疾病的LBP提供了范式.此外,由和度生物医药(上海)有限公司研发的活菌药物CBT102(与SYNB1934机制类似),已在广州市妇女儿童医疗中心完成了一项随机、双盲、安慰剂对照临床试验.相比之下,CBT102在十名儿童患者的测试中显著降低血液中苯丙氨酸含量,应答率为80%,平均降幅达到65%,这两项的数值均优于SYNB1934[18]. ... 一种重组肠杆菌及其在降解酪氨酸和苯丙氨酸中的应用 1 ... 除此之外,苏州优信合生技术有限公司同样以EcN为底盘构建了治疗PKU的工程菌株[19].研究团队利用基于数据库的宏筛选技术,对公共数据库中不同来源的PAL进行虚拟筛选及功能预测.随后,对评分较高的候选PAL进行体外表达与活性验证.筛选出酶活性较高的PAL后,研究人员将其引入EcN中进行活性检测,并探究了三种蛋白标签(SUMO标签、GST标签和GroE标签)对其酶活的影响.最终构建的工程菌株在模拟胃液和模拟肠液条件下的酶活性未见明显下降,表明其在消化道环境中具有良好的稳定性.在PKU小鼠模型中,口服该工程菌株可显著降低苯丙氨酸负荷后的血浆苯丙氨酸水平,初步证实了其治疗潜力.目前,该团队目前正在以乳酸菌为底盘继续开发治疗PKU的LBP[20]. ... 活体生物药:生物技术推动的创新药研发前沿 1 2023 ... 除此之外,苏州优信合生技术有限公司同样以EcN为底盘构建了治疗PKU的工程菌株[19].研究团队利用基于数据库的宏筛选技术,对公共数据库中不同来源的PAL进行虚拟筛选及功能预测.随后,对评分较高的候选PAL进行体外表达与活性验证.筛选出酶活性较高的PAL后,研究人员将其引入EcN中进行活性检测,并探究了三种蛋白标签(SUMO标签、GST标签和GroE标签)对其酶活的影响.最终构建的工程菌株在模拟胃液和模拟肠液条件下的酶活性未见明显下降,表明其在消化道环境中具有良好的稳定性.在PKU小鼠模型中,口服该工程菌株可显著降低苯丙氨酸负荷后的血浆苯丙氨酸水平,初步证实了其治疗潜力.目前,该团队目前正在以乳酸菌为底盘继续开发治疗PKU的LBP[20]. ... Hyperuricemia and its related diseases: mechanisms and advances in therapy 1 2024 ... 高尿酸血症(Hyperuricemia, HUA)是一种常见的代谢性疾病,由体内尿酸过度积累导致.尿酸在人体内由黄嘌呤和次黄嘌呤通过黄嘌呤氧化酶的氧化作用产生(图2).然而,人体内源尿酸氧化酶(UOX)因发生无义突变而失活,无法降解尿酸.人体内的尿酸主要由肾脏排出体外,但约有1/3的尿酸通过肠道排出[21-22].目前,高尿酸血症的治疗主要是通过黄嘌呤氧化酶抑制剂来减少尿酸的产生,但该类药物存在一定毒副作用[23].因此,有待一种高效且毒副作用小的治疗方法治疗或缓解高尿酸血症. ... Role of the intestinal tract in the elimination of uric acid 1 1965 ... 高尿酸血症(Hyperuricemia, HUA)是一种常见的代谢性疾病,由体内尿酸过度积累导致.尿酸在人体内由黄嘌呤和次黄嘌呤通过黄嘌呤氧化酶的氧化作用产生(图2).然而,人体内源尿酸氧化酶(UOX)因发生无义突变而失活,无法降解尿酸.人体内的尿酸主要由肾脏排出体外,但约有1/3的尿酸通过肠道排出[21-22].目前,高尿酸血症的治疗主要是通过黄嘌呤氧化酶抑制剂来减少尿酸的产生,但该类药物存在一定毒副作用[23].因此,有待一种高效且毒副作用小的治疗方法治疗或缓解高尿酸血症. ... The treatment of hyperuricemia 1 2016 ... 高尿酸血症(Hyperuricemia, HUA)是一种常见的代谢性疾病,由体内尿酸过度积累导致.尿酸在人体内由黄嘌呤和次黄嘌呤通过黄嘌呤氧化酶的氧化作用产生(图2).然而,人体内源尿酸氧化酶(UOX)因发生无义突变而失活,无法降解尿酸.人体内的尿酸主要由肾脏排出体外,但约有1/3的尿酸通过肠道排出[21-22].目前,高尿酸血症的治疗主要是通过黄嘌呤氧化酶抑制剂来减少尿酸的产生,但该类药物存在一定毒副作用[23].因此,有待一种高效且毒副作用小的治疗方法治疗或缓解高尿酸血症. ... Engineered Escherichia coli Nissle 1917 with urate oxidase and an oxygen-recycling system for hyperuricemia treatment 1 2022 ... 促进尿酸的代谢是治疗HUA的关键,且肠道中存在一定的尿酸积累.因此构建活体生物药异源表达尿酸氧化酶是一种可行的降尿酸策略.2022年,夏永振团队在天然益生菌EcN中设计了尿酸降解途径[24](图2).研究人员异源表达了来自枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的尿酸氧化酶PucL和PucM.经过PucL和PucM的酶促反应,尿酸最终转化为对人体无害的尿囊素.为促进尿酸在工程菌内的富集和转化,研究团队引入了尿酸转运蛋白YgfU、大肠杆菌过氧化氢酶KatG(可降解反应中产生的过氧化氢)和细菌血红蛋白VHb(提供氧气作为电子受体).体外研究表明,重组EcN菌株可在常氧和缺氧条件下有效降解UA.动物实验表明,该菌株能高效降解HUA小鼠模型肠道和血液中的尿酸.此外,胡杨波团队于2022年的研究揭示了细菌中尿酸酶的亚细胞定位对其活性具有显著影响[25].该团队以产朊假丝酵母NRRL Y-1542(Cyberlindnera jadinii)来源的尿酸氧化酶基因为研究对象,通过融合不同的分泌信号肽,探究了尿酸氧化酶在不同空间位置的活性表现.结果表明,将FtsP信号肽与尿酸氧化酶融合,使其在EcN的周质空间表达,能够显著提高尿酸降解效率.通过分析EcN的转录组数据,研究人员还发现了一个自身转录极低但周围高度转录的非编码区.据此,研究人员将编码尿酸酶的基因片段插入到相应位点,构建了EcN C6(图2).该菌株具有周质尿酸酶的隔离表达,可在体外降解尿酸.通过高尿酸血症大鼠和小鼠的体内实验,研究人员验证了EcN C6菌株能降低血清尿酸水平、缓解肾脏炎症和损伤、改善肠道菌群失调. ... Rational design of a genome-based insulated system in facilitates heterologous uricase expression for hyperuricemia treatment 1 2023 ... 促进尿酸的代谢是治疗HUA的关键,且肠道中存在一定的尿酸积累.因此构建活体生物药异源表达尿酸氧化酶是一种可行的降尿酸策略.2022年,夏永振团队在天然益生菌EcN中设计了尿酸降解途径[24](图2).研究人员异源表达了来自枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的尿酸氧化酶PucL和PucM.经过PucL和PucM的酶促反应,尿酸最终转化为对人体无害的尿囊素.为促进尿酸在工程菌内的富集和转化,研究团队引入了尿酸转运蛋白YgfU、大肠杆菌过氧化氢酶KatG(可降解反应中产生的过氧化氢)和细菌血红蛋白VHb(提供氧气作为电子受体).体外研究表明,重组EcN菌株可在常氧和缺氧条件下有效降解UA.动物实验表明,该菌株能高效降解HUA小鼠模型肠道和血液中的尿酸.此外,胡杨波团队于2022年的研究揭示了细菌中尿酸酶的亚细胞定位对其活性具有显著影响[25].该团队以产朊假丝酵母NRRL Y-1542(Cyberlindnera jadinii)来源的尿酸氧化酶基因为研究对象,通过融合不同的分泌信号肽,探究了尿酸氧化酶在不同空间位置的活性表现.结果表明,将FtsP信号肽与尿酸氧化酶融合,使其在EcN的周质空间表达,能够显著提高尿酸降解效率.通过分析EcN的转录组数据,研究人员还发现了一个自身转录极低但周围高度转录的非编码区.据此,研究人员将编码尿酸酶的基因片段插入到相应位点,构建了EcN C6(图2).该菌株具有周质尿酸酶的隔离表达,可在体外降解尿酸.通过高尿酸血症大鼠和小鼠的体内实验,研究人员验证了EcN C6菌株能降低血清尿酸水平、缓解肾脏炎症和损伤、改善肠道菌群失调. ... Anaerobic purinolytic enzymes enable dietary purine clearance by engineered gut bacteria 1 2023 ... HUA的病理基础是尿酸的过度积累.因此,减少嘌呤向尿酸的转化也是治疗HUA的有效策略之一.张雁团队已鉴定并表征了梭菌属和部分细菌中编码厌氧嘌呤分解途径的基因簇[26].其中,嘌呤分解酶XnhA和XnhB可直接厌氧降解黄嘌呤,从而规避尿酸的生成.基于此,研究团队将二者引入EcN,并通过CRISPR辅助同源重组引入了黄嘌呤转运酶基因xanQ、鸟嘌呤脱氨酶基因guaD以及嘌呤/次黄嘌呤通透酶基因ghxQ,最终得到菌株CarBT4gout_1.0(图2).研究表明,口服补充CarBT4gout_1.0可使高尿酸血症黑腹果蝇模型尿酸水平下降59%,有效降低了尿酸盐结核的形成.该研究不仅挖掘了降解嘌呤的全新基因簇,而且证实了活体生物药减少嘌呤向尿酸转化是降解尿酸的有效方案.2024年,叶邦策团队在EcN中过表达了黄嘌呤转运蛋白(XanQ),以提高其对黄嘌呤的吸收能力[27].研究人员通过计算生物学分析XanQ后,对其进行饱和突变以筛选高活性变体.随后,通过启动子工程和RBS工程优化突变XanQ蛋白的表达水平,最终得到工程益生菌YES301(图2).与野生型菌株相比,其黄嘌呤和次黄嘌呤转运能力分别增加了8.6倍和4.0倍.高尿酸血症小鼠模型口服YES301后,其血清尿酸水平显著降低至生理范围内,同时小鼠的肾脏损伤得到缓解.重要的是,YES301表现出与临床药物别嘌呤醇相当的疗效,且副作用更少、生物相容性更高.该研究同样证实了通过LBP减少嘌呤向尿酸转化是可行的策略. ... Empowering probiotics with high xanthine transport for effective hyperuricemia management 1 2024 ... HUA的病理基础是尿酸的过度积累.因此,减少嘌呤向尿酸的转化也是治疗HUA的有效策略之一.张雁团队已鉴定并表征了梭菌属和部分细菌中编码厌氧嘌呤分解途径的基因簇[26].其中,嘌呤分解酶XnhA和XnhB可直接厌氧降解黄嘌呤,从而规避尿酸的生成.基于此,研究团队将二者引入EcN,并通过CRISPR辅助同源重组引入了黄嘌呤转运酶基因xanQ、鸟嘌呤脱氨酶基因guaD以及嘌呤/次黄嘌呤通透酶基因ghxQ,最终得到菌株CarBT4gout_1.0(图2).研究表明,口服补充CarBT4gout_1.0可使高尿酸血症黑腹果蝇模型尿酸水平下降59%,有效降低了尿酸盐结核的形成.该研究不仅挖掘了降解嘌呤的全新基因簇,而且证实了活体生物药减少嘌呤向尿酸转化是降解尿酸的有效方案.2024年,叶邦策团队在EcN中过表达了黄嘌呤转运蛋白(XanQ),以提高其对黄嘌呤的吸收能力[27].研究人员通过计算生物学分析XanQ后,对其进行饱和突变以筛选高活性变体.随后,通过启动子工程和RBS工程优化突变XanQ蛋白的表达水平,最终得到工程益生菌YES301(图2).与野生型菌株相比,其黄嘌呤和次黄嘌呤转运能力分别增加了8.6倍和4.0倍.高尿酸血症小鼠模型口服YES301后,其血清尿酸水平显著降低至生理范围内,同时小鼠的肾脏损伤得到缓解.重要的是,YES301表现出与临床药物别嘌呤醇相当的疗效,且副作用更少、生物相容性更高.该研究同样证实了通过LBP减少嘌呤向尿酸转化是可行的策略. ... Pathophysiology and Treatment of Enteric Hyperoxaluria 1 2021 ... 肠源性高草酸尿症(enteric hyperoxaluria, EH)是由饮食中草酸盐的过度吸收而导致慢性肾结石和肾衰竭的一种代谢性疾病.草酸盐和钙结合形成草酸钙(calcium oxalate,CaOx)盐,这些盐类极难溶解,并组织成反复发作的尿路结石和肾钙化,导致肾脏逐渐受损,最终导致终末期肾病[28]. ... Oxalobacter formigenes: A new hope as a live biotherapeutic agent in the management of calcium oxalate renal stones 1 2022 ... 微生物中,产甲酸草酸杆菌(Oxalobacter formigenes, OF)在人类草酸盐代谢中的作用已被广泛研究.草酸/甲酸盐逆向转运蛋白(OxlT)通过协同甲酸盐的逆向转运将草酸盐转运到细胞质中.甲酰辅酶A转移酶(Frc)将辅酶A从甲酰辅酶A转移至草酸盐,生成草酰辅酶A和甲酸.草酰辅酶A经草酰辅酶A脱羧酶(OxdC)脱羧产生甲酰辅酶A和CO2,以进行下一轮循环[29].有研究报道将上述通路涉及的关键基因整合到EcN的基因组中,并用前述提到的PfnrS调控基因表达.随后,研究人员敲除胸苷合成酶基因thyA,得到在没有外源胸苷补充的情况下无法生长的营养缺陷型菌株SYNB8802[30].SYNB8802是一种非定植的EcN工程菌株,旨在消耗消化道中的草酸盐,以阻止其吸收并降低尿液草酸盐水平.SYNB8802的工程化方法和非定植性有利于在临床中重复给药,从而优化治疗活性.除了药理作用外,防止定植还能避免干扰肠道的天然微生物群.不过,SYNB8802清除草酸盐对肠道微生物群的影响仍有待确定.在动物实验中,该活体生物药已被证实可以消化肠道内的草酸盐.同时,研究人员结合体外和体内临床前数据构建了一个数学模型,预测了服用SYNB8802对人体尿草酸盐排泄的影响[30].结果显示,对于在预期膳食摄入量范围内摄入草酸盐的 EH 患者,该模型预测每日服用 SYNB8802 后,其尿液草酸盐水平会出现有临床意义和剂量依赖性的降低. ... An engineered bacterial therapeutic lowers urinary oxalate in preclinical models and in silico simulations of enteric hyperoxaluria 2 2022 ... 微生物中,产甲酸草酸杆菌(Oxalobacter formigenes, OF)在人类草酸盐代谢中的作用已被广泛研究.草酸/甲酸盐逆向转运蛋白(OxlT)通过协同甲酸盐的逆向转运将草酸盐转运到细胞质中.甲酰辅酶A转移酶(Frc)将辅酶A从甲酰辅酶A转移至草酸盐,生成草酰辅酶A和甲酸.草酰辅酶A经草酰辅酶A脱羧酶(OxdC)脱羧产生甲酰辅酶A和CO2,以进行下一轮循环[29].有研究报道将上述通路涉及的关键基因整合到EcN的基因组中,并用前述提到的PfnrS调控基因表达.随后,研究人员敲除胸苷合成酶基因thyA,得到在没有外源胸苷补充的情况下无法生长的营养缺陷型菌株SYNB8802[30].SYNB8802是一种非定植的EcN工程菌株,旨在消耗消化道中的草酸盐,以阻止其吸收并降低尿液草酸盐水平.SYNB8802的工程化方法和非定植性有利于在临床中重复给药,从而优化治疗活性.除了药理作用外,防止定植还能避免干扰肠道的天然微生物群.不过,SYNB8802清除草酸盐对肠道微生物群的影响仍有待确定.在动物实验中,该活体生物药已被证实可以消化肠道内的草酸盐.同时,研究人员结合体外和体内临床前数据构建了一个数学模型,预测了服用SYNB8802对人体尿草酸盐排泄的影响[30].结果显示,对于在预期膳食摄入量范围内摄入草酸盐的 EH 患者,该模型预测每日服用 SYNB8802 后,其尿液草酸盐水平会出现有临床意义和剂量依赖性的降低. ...
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