合成生物学 ›› 2025, Vol. 6 ›› Issue (3): 493-496.DOI: 10.12211/2096-8280.2025-063
林一瀚1, 傅雄飞2, 刘陈立2, 欧阳颀3
收稿日期:
2025-06-18
修回日期:
2025-06-19
出版日期:
2025-06-30
发布日期:
2025-06-27
作者简介:
林一瀚,北京大学定量生物学中心教授,北京大学-清华大学生命科学联合中心研究员。研究方向为定量系统生物学、合成生物学。
Received:
2025-06-18
Revised:
2025-06-19
Online:
2025-06-30
Published:
2025-06-27
中图分类号:
林一瀚, 傅雄飞, 刘陈立, 欧阳颀. 定量合成生物学:合成生物系统的理性设计之路[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 493-496.
1 | 罗楠, 赵国屏, 刘陈立. 合成生物学的科学问题[J]. 生命科学, 2021, 33(12): 1429-1435. |
LUO N, ZHAO G P, LIU C L. Scientific questions for synthetic biology[J]. Chinese Bulletin of Life Sciences, 2021, 33(12): 1429-1435. | |
2 | LUO N, ZHAO G P, LIU C L. Quantitative synthetic biology[J]. Nature Reviews Bioengineering, 2024, 2(11): 911-913. |
3 | 刁雯蕙. “定量合成生物学” 开启理性设计新范式[N]. 中国科学报, 2024-07-31(1). |
DIAO W H. “Quantitative Synthetic Biology” unveils a new paradigm for rational design[N]. China Science Daily, 2024-07-31(1). | |
4 | 李倩, FERRELL JR James E, 陈于平. 细胞质浓度: 细胞生物学的老问题、新参数[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):497-515. |
LI Qian, FERRELL JR James E, CHEN Y P. Cytoplasmic concentration: an old question and a new parameter in cell biology[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):497-515. | |
5 | 姜源旭,范盈盈,魏平. 生物振荡的设计原理与人工合成[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):516-531. |
JIANG Y X, FAN Y Y, WEI P. Design principles and artificial synthesis of biological oscillators[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):516-531. | |
6 | 田晓军,张日新. 合成基因回路面临的细胞“经济学窘境”[J]. 合成生物学,2025,6(3):532-546. |
TIAN X J, ZHANG R X. “Economics Paradox” with cells in synthetic gene circuits[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):532-546. | |
7 | 夏辰亮,张泽成,管星悦,等. 统计物理与人工智能驱动的蛋白质结构生物信息学[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):547-565. |
XIA C L, ZHANG Z C, GUAN X Y, et al. Protein structural bioinformatics empowered by statistical physics and artificial intelligence[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):547-565. | |
8 | 吴柯,罗家豪,李斐然. 机器学习驱动的基因组规模代谢模型构建与优化[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):566-584. |
WU K, LUO J H, LI F R. Applications of machine learning in the reconstruction and curation of genome-scale metabolic models[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):566-584. | |
9 | 李永珠,陈禹. 酵母基因组规模模型进展及发展趋势[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):585-602. |
LI Y Z, CHEN Y. Advances and prospects in genome-scale models of yeast[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):585-602. | |
10 | 张成辛. 基于文本数据挖掘的蛋白功能预测:机遇与挑战[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):603-616. |
ZHANG C X. Challenges and opportunities in text mining-based protein function annotation[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):603-616. | |
11 | 宋成治, 林一瀚. AI+定向进化赋能蛋白改造及优化[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):617-635. |
SONG C Z, LIN Y H. AI-enabled directed evolution for protein engineering and optimization[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):617-635. | |
12 | 李明辰,钟博子韬,余元玺, 等. DeepSeek模型分析及其在AI辅助蛋白质工程中的应用[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):636-650. |
LI M C, ZHONG B Z T, YU Y X, et al. DeepSeek model analysis and its applications in AI-assistant protein engineering[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):636-650. | |
13 | 姜百翼,钱珑. 活细胞记录器在细胞谱系追踪中的应用和前景[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):651-668. |
JIANG B Y, QIAN L. Application and prospect of live cell DNA-based molecular recorders in cell lineage tracing[J]. Synthetic Biology Journal, 2025,6(3):651-668. | |
14 | 杨莹,李霞,刘立中. 合成生物学在干细胞早期胚胎发育模型中的应用[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):669-684. |
YANG Y, LI X, LIU L Z. Applications of synthetic biology to stem-cell-derived modeling of early embryonic development[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):669-684. | |
15 | 章益蜻,刘高雯. 合成生物学视角下的基因功能探索与酵母工程菌株文库构建[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):685-700. |
ZHANG Y Q, LIU G W. Exploration of gene functions and library construction for engineering strains from a synthetic biology perspective[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):685-700. | |
16 | 黄怡, 司同, 陆安静. 生物制造标准体系建设的现状、问题与建议[J]. 合成生物学, 2025, 6(3):701-714. |
HUANG Y, SI T, LU A J. Standardization for biomanufacturing: global landscape, critical challenges, and pathways forward[J]. Synthetic Biology Journal,2025,6(3):701-714. |
[1] | 胡蝶, 徐道铸, 鲁志毅, 唐卫, 樊博, 何玉财. 木聚糖酶Xyn11A与阿拉伯呋喃糖苷酶Abf62A协同水解麦秆木聚糖生物合成低聚木糖[J]. 合成生物学, 2025, (): 1-15. |
[2] | 马牧青, 吴彦, 曲茂华, 卢夏锋, 曹敏, 杜峰, 季荣涛, 董磊迟, 罗志波. 体外多酶组装与生物级联催化:进展与展望[J]. 合成生物学, 2025, (): 1-20. |
[3] | 肖和, 姚明菊, 乔雪. 长糖链皂苷的生物合成研究进展[J]. 合成生物学, 2025, (): 1-7. |
[4] | 杨莹, 李霞, 刘立中. 合成生物学在干细胞早期胚胎发育模型中的应用[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 669-684. |
[5] | 李明辰, 钟博子韬, 余元玺, 姜帆, 张良, 谭扬, 虞慧群, 范贵生, 洪亮. DeepSeek模型分析及其在AI辅助蛋白质工程中的应用[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 636-650. |
[6] | 黄怡, 司同, 陆安静. 生物制造标准体系建设的现状、问题与建议[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 701-714. |
[7] | 宋成治, 林一瀚. AI+定向进化赋能蛋白改造及优化[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 617-635. |
[8] | 吴柯, 罗家豪, 李斐然. 机器学习驱动的基因组规模代谢模型构建与优化[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 566-584. |
[9] | 田晓军, 张日新. 合成基因回路面临的细胞“经济学窘境”[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 532-546. |
[10] | 李永珠, 陈禹. 酵母基因组规模模型进展及发展趋势[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 585-602. |
[11] | 章益蜻, 刘高雯. 合成生物学视角下的基因功能探索与酵母工程菌株文库构建[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 685-700. |
[12] | 姜百翼, 钱珑. 活细胞记录器在细胞谱系追踪中的应用和前景[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 651-668. |
[13] | 李倩, FERRELL JR.James E., 陈于平. 细胞质浓度:细胞生物学的老问题、新参数[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 497-515. |
[14] | 姜源旭, 范盈盈, 魏平. 生物振荡的设计原理与人工合成[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 516-531. |
[15] | 张成辛. 基于文本数据挖掘的蛋白功能预测:机遇与挑战[J]. 合成生物学, 2025, 6(3): 603-616. |
阅读次数 | ||||||
全文 |
|
|||||
摘要 |
|
|||||