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Studies on hydrogenases for hydrogen production using in vitro synthetic enzymatic biosystems
LI Yifei, CHEN Ai, SUN Junsong, ZHANG Yi-Heng P. Job
Synthetic Biology Journal    2024, 5 (6): 1461-1484.   DOI: 10.12211/2096-8280.2024-052
Abstract   (798 HTML52 PDF(pc) (2747KB)(879)  

Hydrogenases are the most important enzymes in biological hydrogen production and hydrogen energy utilization. They are widely distributed, oxygen-sensitive, multiunit complexed metal enzymes. In vitro synthetic enzymatic biosystems (ivSEB) is a type of in vitro biotransformation (ivBT) technology, which is an emerging biomanufacturing powerhouse that combines microbial fermentation with enzymatic biocatalysis, allowing for novel and efficient hydrogen production, also breaking the Thauer limit and achieving a yield of hydrogen close to the theoretical value of chemistry (1 mole of glucose to produce 12 moles of hydrogen in maximum). It represents the future direction of biological hydrogen production. However, the recombinant expression of hydrogenase is the main bottleneck limiting the wide application of ivSEB for hydrogen production technology. Hydrogenases are widely distributed in all life domains, but are oxygen-sensitive and mostly consist of metalloproteins with multi-subunits, bearing [Fe] only, [NiFe] or [FeFe] dinuclear core in their catalytic center. Oxygen not only inhibits the activity of hydrogenase, but also affects the transcription of the enzyme-encoding gene and post-translational process of the enzymes. As a result, the levels of recombinant hydrogenase are usually low and the enzymatic activities are also incomparable to the native enzymes, often leading to high production costs due to the strict anaerobic purification procedures. In order to meet the requirements of industrial hydrogen production, hydrogenases must possess excellent catalytic properties, such as a high catalytic turnover number, great thermal stability, and the ability to tolerate trace amounts of oxygen. This review summarizes the studies on the structural and catalytic characterizations of hydrogenases, including their classification, oxygen resistance mechanisms, and progress in recombinant expression. Additionally, the evolution of natural electron transfer chains and the design of artificial routes, which can improve hydrogen production efficiency and reduce costs, are briefly discussed. The review also discussed the progress in the studies on the mechanisms of hydrogenases’ tolerance toward oxygen, the strategies for microbial expression of recombinant hydrogenases as well as the optimization of the artificial electron transfer chains adapted for the production of hydrogen using ivSEB, in expectations of promoting the applications of hydrogenases involved ivSEB, from renewable energy storage, anaerobic artificial respiration, to clean hydrogenation or dehydrogenation in biocatalysis.


氢酶

Hydrogenase

表达宿主

Expression host

成熟蛋白

Maturation protein

全细胞活性

Whole cell activity

纯化酶活性

Purified enzyme activity

参考文献

References

AmaHynSLA. macleodi ∆HynSLHost0.03 ①,*0.1 [119]
AmaHynSLE. coliA. macleodii3×10-3~70×10-3 ①,*NR[120-121]
AmaHyaABT. roseopersicinaHost, A. macleodii5×10-3 ①NR[122]
AflHydSLE. coliHostNA77 [123]
DgiHynABD. gigas ∆HynABHost1.9 ①,*91 [124]
DgiHynABD. fructosovorans ∆HynABHost0.2 NR[125]
EcoHyd1E. coli ∆Hyd1Host4×10-2~7×10-2 ①,*1×10-2~3×10-2 ①[126-127]
HmaMBHE. coliE. coli0.07 ①,*0.03 [127]
NpuHupSLE. coliE. coli208 NR[128]
PfuSHE. coliP. furiosus2.9 100 [43]
PfuSHIT. kodakarensisHost23.6 880 [45]
ReuMBHR. Eutropha H16Host1.0 ③,*170 [129]
ReuMBHP. stutzeriR. eutropha17~19 ③,*NR[130]
ReuRHE. coliR. eutrophaNR0.8 [131]
ReuRHE. coliR. eutropha1.2 ②,*230 [132]
RopSHR. eutropha ∆SH ∆MBHHost, R. opacus5.9 ①,*NR[133]
SynSHE. coliSynechocystis sp.0.04 ①,*NR[134]
Table 2 The activities of the reported recombinant [NiFe] hydrogenases
Extracts from the Article
虽然[FeFe]和[NiFe]氢酶在一级和二级结构上的同源性很低,但是这两类氢酶在催化位点的结构上异曲同工,具有在其催化位点上类似的特征性非蛋白配体,有着共同的电子转移特征,均可以催化氢气和质子、电子之间的相互转化,但是它们参与氢气裂解或合成的方式并不相同,体现了进化中实现的两种独立的解决方案。因此,[FeFe]和[NiFe]氢酶被认为是收敛进化最深刻的案例(收敛进化是指不同物种或群体在相似的环境条件下,独立演化出相似的形态、生理特征或行为的现象)。[FeFe]氢酶主要分布在厌氧发酵微生物中,主要功能是通过产生氢气回收电子,利用氧化电子辅酶的反应使其循环利用,因此是细胞能量代谢的重要组成。而[NiFe]氢酶的功能十分多样,既可产氢也可用氢,或参与还原力的再生等[45, 48]。依据其在细胞中的定位可分为可溶性及膜结合[NiFe]氢酶。可溶的胞内[NiFe]氢酶主要在能量代谢中催化氢气的氧化,可能是早期生命中的关键酶,代表了现代呼吸代谢的前身。[FeFe]或[NiFe]氢酶从细胞内分布的性质均可分为可溶性氢酶或膜结合型氢酶,膜结合型氢酶赋予氢酶更多的功能,可参与细胞最基础的能量转化反应,如组成电子呼吸链等功能,但是胞内可溶氢酶更适合组建ivSEB系统。与[NiFe]类型相比,[FeFe]氢酶催化H2合成的比酶活通常更佳,至少高出一个数量级或更高的效率,然而,该类氢酶对氧气更敏感。这两类金属类型不一的氢酶对氧气的敏感差异比较大,[FeFe]氢酶在存在微量氧气时大多会不可逆地失活,而许多[NiFe]氢酶虽也受氧气抑制,但是在去除氧气后可重新激活[49-50]。基于两类氢酶不同的特性及各自的催化优势,它们已分别应用于不同领域,如[FeFe]氢酶常用于构建氢酶-光催化混合复合体的构建,用于开展H2的光合生产[51-52]。除了产氢特性外,对[NiFe]氢酶的H2氧化活性的研究也用于电化学燃料电池中,这些电池利用生物催化剂替代昂贵的铂催化剂[53]。氢酶还已成功用于H2驱动的辅因子再生系统,用于回收NAD(H)和NADP(H)等昂贵辅酶,其效率高于NADH/NADPH氧化酶且能耗低、无需氧气参与[54]。
为了能够利用氢酶开展应用研究,或者对其催化机理进行深入解析,研究人员需要获取足量的氢酶,但却往往受限于氢酶的胞内浓度不高,或是其原宿主细胞发酵密度低。此外,天然氢酶缺乏利于纯化的亲和标签肽,导致纯化过程中酶活的损失较大,因此,急需对氢酶开展重组表达。几十年以来,研究人员一直在尝试各种表达策略,开展了[FeFe]和[NiFe]氢酶的同源或异源重组生产。但是由于对氢酶翻译后成熟机理的理解不多,2010年以前外源表达功能性的[FeFe]氢酶的尝试只取得了有限的成功,主要是由于异源宿主无法合成完整的H-簇,导致获得的要么是无催化活性的apo-酶[96-97],或者只能获得活性很低的重组酶[98-99]。但这些初期的尝试让研究人员发现了氢酶表达需要完备的成熟蛋白体系,同时也认识到其对氧的高敏感性带来的纯化挑战,这些前期经验对后期氢酶的重组表达工作积累了宝贵的经验。因此,近十几年来,世界各地研究人员先后通过使用同源和异源宿主成功表达了多种[FeFe]氢酶(表1)或[NiFe]氢酶(表2)。其中,利用成熟的大肠杆菌进行[NiFe]氢酶过表达的突破由美国佐治亚大学的研究组实现,他们在大肠杆菌中过表达高温古菌Pf SHⅠ的四个结构基因和九个成熟基因(hypABFCDEhycIslyDfrxA)[43],实现了有活性高温氢酶的重组生产,并且通过组氨酸标签的使用,大大降低了氢酶的纯化成本和难度。研究还表明,即使在异源重组表达时,也不是所有的氢酶加工蛋白都需要共表达。研究发现,只需过表达结构基因和氢酶大亚基的成熟蛋白酶(FrxA),大肠杆菌就可产生有活性的Pf SHⅠ。重组氢酶的比酶活相比天然氢酶相距较远,这表明在厌氧发酵时,大肠杆菌膜结合氢酶相关成熟蛋白也可参与外源高温氢酶的翻译后加工,尽管其效率不及天然高温成熟蛋白。由此,利用天然宿主(同源重组表达)或其亲缘较近物种进行重组氢酶基因表达,更容易实现功能性氢酶的过表达生产。例如,Desulfovibrio gigas的[NiFe]氢酶可成功地在Desulfovibrio fructosovorans MR400中重组表达,这两种微生物的氢酶亚基显示出64%的同源性和80%的相似性。Song等[45]使用与火球菌P. furiosus亲缘关系相近的Theromococcus kodakarensis KOD1作为底盘细胞,通过穿梭质粒高效表达并纯化了P. furiosus来源的可溶性氢酶SHⅠ。另一来自嗜氢高温菌Hydrogenophilus thermoluteolus TH-1的[NiFe]氢酶也成功地在常温嗜氢菌Ralstonia euatropha H16中成功表达,并进行了活性氢酶的性能表征[135]。但是利用高温古菌进行同源重组表达也面临微生物发酵密度低、酶表达量不足的困境,因此,开展研究实现高温古菌的高密度发酵,或者着力提升氢酶异源表达的加工效率仍然十分必要[136]。
除了开发蛋白类新型酶种,非多肽仿真人工催化剂的研究也备受重视。例如,仿真人工氢酶可以弥补天然氢酶在应用中的诸多挑战,如获取成本高、对氧超级敏感等。因此,研究人员正着力于通过对氢酶活性中心的结构及化学配位原则进行探究,利用金属有机物设计并模拟出天然氢酶的活性位点,获得可以实现氢气的氧化及质子还原功能的仿真催化剂[141],这类氢酶仿真催化剂的开发依赖于研究人员对天然氢酶结构和功能的了解。1995年,Volbeda等[142]解析了来自Desulfovivrio gigas的[NiFe]氢酶的首个2.85 ?(1 ?=0.1 nm)晶体结构,推动了氢酶仿真物的研究,开发出了一系列模拟复合物作为H2生产的催化剂。同时有研究表明,[FeFe]氢酶在质子还原为H2的过程中效率最高,其转化频率可高达104 s-1[143],研究人员通过模拟H簇的双铁位点,使用azadithiolate(ADT)连接[FeFe]氢酶的两个铁原子后,实现[FeFe]氢酶金属簇的仿生模拟[144]。
①通过连二亚硫酸钠还原的MV每毫克蛋白质每分钟产生的氢气(μmol). ...
[FeFe] hydrogenases and their evolution: a genomic perspective
1
2007
... [FeFe]和[NiFe]氢酶均可以催化产氢反应,其中[FeFe]氢酶广泛存在于厌氧细菌或含有光合细胞器的真核生物中,且原先认为在古细菌中不存在[FeFe]氢酶[46],但是随着对微生物多样性的认识以及宏微生物组数据的爆发式增长,人们认识到,在古细菌中不仅存在[FeFe]氢酶,而且还大量分布着[NiFe]和[FeFe]氢酶的原始杂合体[47].[FeFe]氢酶在结构上的差异性较大,既有简单的单一肽催化蛋白,也有由多亚基构成的复合酶,但是这类酶都含有一个独特的催化中心,即H-簇,它由[FeFe]亚簇和[4Fe-4S]簇组成,通过桥接的半胱氨酸硫醇配体连在一起.其中,[FeFe]-中心的每个铁原子分别连接2个CO和1个CN,并通过1个额外的CO桥接,此外,该[FeFe]中心通过一个桥接的半胱氨酸残基连接到 [4Fe-4S]簇.这些独特的共价相连的配体有助于形成稳定的结构并参与氢酶的催化活性[4Fe-4S]簇通常在氢酶中起着电子传递和催化作用.它由[FeFe]亚簇和[4Fe-4S]簇的半胱氨酸残基作为桥接基团,有助于维持整个H-簇的结构和功能[30].[NiFe]氢酶广泛分布于古菌和细菌中,但是不存在于真核生物中.[NiFe]氢酶由至少一个含有[NiFe]活性中心的大亚基和携带几乎线性排列的FeS簇的小亚基组成.[NiFe]中心深藏在大亚基中,并通过4个半胱氨酸衍生的硫醇与酶相连.镍由其4个半胱氨酸配位,其中两个作为桥联配体,同时也与铁原子配位,铁原子进一步由1个CO和2个CN配体配位.这两种金属离子以及二原子配体是通过复杂的后翻译插入到apo-氢酶中. ...
Minimal and hybrid hydrogenases are active from Archaea
1
2024
... [FeFe]和[NiFe]氢酶均可以催化产氢反应,其中[FeFe]氢酶广泛存在于厌氧细菌或含有光合细胞器的真核生物中,且原先认为在古细菌中不存在[FeFe]氢酶[46],但是随着对微生物多样性的认识以及宏微生物组数据的爆发式增长,人们认识到,在古细菌中不仅存在[FeFe]氢酶,而且还大量分布着[NiFe]和[FeFe]氢酶的原始杂合体[47].[FeFe]氢酶在结构上的差异性较大,既有简单的单一肽催化蛋白,也有由多亚基构成的复合酶,但是这类酶都含有一个独特的催化中心,即H-簇,它由[FeFe]亚簇和[4Fe-4S]簇组成,通过桥接的半胱氨酸硫醇配体连在一起.其中,[FeFe]-中心的每个铁原子分别连接2个CO和1个CN,并通过1个额外的CO桥接,此外,该[FeFe]中心通过一个桥接的半胱氨酸残基连接到 [4Fe-4S]簇.这些独特的共价相连的配体有助于形成稳定的结构并参与氢酶的催化活性[4Fe-4S]簇通常在氢酶中起着电子传递和催化作用.它由[FeFe]亚簇和[4Fe-4S]簇的半胱氨酸残基作为桥接基团,有助于维持整个H-簇的结构和功能[30].[NiFe]氢酶广泛分布于古菌和细菌中,但是不存在于真核生物中.[NiFe]氢酶由至少一个含有[NiFe]活性中心的大亚基和携带几乎线性排列的FeS簇的小亚基组成.[NiFe]中心深藏在大亚基中,并通过4个半胱氨酸衍生的硫醇与酶相连.镍由其4个半胱氨酸配位,其中两个作为桥联配体,同时也与铁原子配位,铁原子进一步由1个CO和2个CN配体配位.这两种金属离子以及二原子配体是通过复杂的后翻译插入到apo-氢酶中. ...
Exceptionally high rates of biological hydrogen production by biomimetic in vitro synthetic enzymatic pathways
1
2016
... 虽然[FeFe]和[NiFe]氢酶在一级和二级结构上的同源性很低,但是这两类氢酶在催化位点的结构上异曲同工,具有在其催化位点上类似的特征性非蛋白配体,有着共同的电子转移特征,均可以催化氢气和质子、电子之间的相互转化,但是它们参与氢气裂解或合成的方式并不相同,体现了进化中实现的两种独立的解决方案.因此,[FeFe]和[NiFe]氢酶被认为是收敛进化最深刻的案例(收敛进化是指不同物种或群体在相似的环境条件下,独立演化出相似的形态、生理特征或行为的现象).[FeFe]氢酶主要分布在厌氧发酵微生物中,主要功能是通过产生氢气回收电子,利用氧化电子辅酶的反应使其循环利用,因此是细胞能量代谢的重要组成.而[NiFe]氢酶的功能十分多样,既可产氢也可用氢,或参与还原力的再生等[4548].依据其在细胞中的定位可分为可溶性及膜结合[NiFe]氢酶.可溶的胞内[NiFe]氢酶主要在能量代谢中催化氢气的氧化,可能是早期生命中的关键酶,代表了现代呼吸代谢的前身.[FeFe]或[NiFe]氢酶从细胞内分布的性质均可分为可溶性氢酶或膜结合型氢酶,膜结合型氢酶赋予氢酶更多的功能,可参与细胞最基础的能量转化反应,如组成电子呼吸链等功能,但是胞内可溶氢酶更适合组建ivSEB系统.与[NiFe]类型相比,[FeFe]氢酶催化H2合成的比酶活通常更佳,至少高出一个数量级或更高的效率,然而,该类氢酶对氧气更敏感.这两类金属类型不一的氢酶对氧气的敏感差异比较大,[FeFe]氢酶在存在微量氧气时大多会不可逆地失活,而许多[NiFe]氢酶虽也受氧气抑制,但是在去除氧气后可重新激活[49-50].基于两类氢酶不同的特性及各自的催化优势,它们已分别应用于不同领域,如[FeFe]氢酶常用于构建氢酶-光催化混合复合体的构建,用于开展H2的光合生产[51-52].除了产氢特性外,对[NiFe]氢酶的H2氧化活性的研究也用于电化学燃料电池中,这些电池利用生物催化剂替代昂贵的铂催化剂[53].氢酶还已成功用于H2驱动的辅因子再生系统,用于回收NAD(H)和NADP(H)等昂贵辅酶,其效率高于NADH/NADPH氧化酶且能耗低、无需氧气参与[54]. ...
Characterization of [FeFe] hydrogenase O2 sensitivity using a new, physiological approach
1
2016
... 虽然[FeFe]和[NiFe]氢酶在一级和二级结构上的同源性很低,但是这两类氢酶在催化位点的结构上异曲同工,具有在其催化位点上类似的特征性非蛋白配体,有着共同的电子转移特征,均可以催化氢气和质子、电子之间的相互转化,但是它们参与氢气裂解或合成的方式并不相同,体现了进化中实现的两种独立的解决方案.因此,[FeFe]和[NiFe]氢酶被认为是收敛进化最深刻的案例(收敛进化是指不同物种或群体在相似的环境条件下,独立演化出相似的形态、生理特征或行为的现象).[FeFe]氢酶主要分布在厌氧发酵微生物中,主要功能是通过产生氢气回收电子,利用氧化电子辅酶的反应使其循环利用,因此是细胞能量代谢的重要组成.而[NiFe]氢酶的功能十分多样,既可产氢也可用氢,或参与还原力的再生等[4548].依据其在细胞中的定位可分为可溶性及膜结合[NiFe]氢酶.可溶的胞内[NiFe]氢酶主要在能量代谢中催化氢气的氧化,可能是早期生命中的关键酶,代表了现代呼吸代谢的前身.[FeFe]或[NiFe]氢酶从细胞内分布的性质均可分为可溶性氢酶或膜结合型氢酶,膜结合型氢酶赋予氢酶更多的功能,可参与细胞最基础的能量转化反应,如组成电子呼吸链等功能,但是胞内可溶氢酶更适合组建ivSEB系统.与[NiFe]类型相比,[FeFe]氢酶催化H2合成的比酶活通常更佳,至少高出一个数量级或更高的效率,然而,该类氢酶对氧气更敏感.这两类金属类型不一的氢酶对氧气的敏感差异比较大,[FeFe]氢酶在存在微量氧气时大多会不可逆地失活,而许多[NiFe]氢酶虽也受氧气抑制,但是在去除氧气后可重新激活[49-50].基于两类氢酶不同的特性及各自的催化优势,它们已分别应用于不同领域,如[FeFe]氢酶常用于构建氢酶-光催化混合复合体的构建,用于开展H2的光合生产[51-52].除了产氢特性外,对[NiFe]氢酶的H2氧化活性的研究也用于电化学燃料电池中,这些电池利用生物催化剂替代昂贵的铂催化剂[53].氢酶还已成功用于H2驱动的辅因子再生系统,用于回收NAD(H)和NADP(H)等昂贵辅酶,其效率高于NADH/NADPH氧化酶且能耗低、无需氧气参与[54]. ...
A third type of hydrogenase catalyzing H2 activation
1
2007
... 虽然[FeFe]和[NiFe]氢酶在一级和二级结构上的同源性很低,但是这两类氢酶在催化位点的结构上异曲同工,具有在其催化位点上类似的特征性非蛋白配体,有着共同的电子转移特征,均可以催化氢气和质子、电子之间的相互转化,但是它们参与氢气裂解或合成的方式并不相同,体现了进化中实现的两种独立的解决方案.因此,[FeFe]和[NiFe]氢酶被认为是收敛进化最深刻的案例(收敛进化是指不同物种或群体在相似的环境条件下,独立演化出相似的形态、生理特征或行为的现象).[FeFe]氢酶主要分布在厌氧发酵微生物中,主要功能是通过产生氢气回收电子,利用氧化电子辅酶的反应使其循环利用,因此是细胞能量代谢的重要组成.而[NiFe]氢酶的功能十分多样,既可产氢也可用氢,或参与还原力的再生等[4548].依据其在细胞中的定位可分为可溶性及膜结合[NiFe]氢酶.可溶的胞内[NiFe]氢酶主要在能量代谢中催化氢气的氧化,可能是早期生命中的关键酶,代表了现代呼吸代谢的前身.[FeFe]或[NiFe]氢酶从细胞内分布的性质均可分为可溶性氢酶或膜结合型氢酶,膜结合型氢酶赋予氢酶更多的功能,可参与细胞最基础的能量转化反应,如组成电子呼吸链等功能,但是胞内可溶氢酶更适合组建ivSEB系统.与[NiFe]类型相比,[FeFe]氢酶催化H2合成的比酶活通常更佳,至少高出一个数量级或更高的效率,然而,该类氢酶对氧气更敏感.这两类金属类型不一的氢酶对氧气的敏感差异比较大,[FeFe]氢酶在存在微量氧气时大多会不可逆地失活,而许多[NiFe]氢酶虽也受氧气抑制,但是在去除氧气后可重新激活[49-50].基于两类氢酶不同的特性及各自的催化优势,它们已分别应用于不同领域,如[FeFe]氢酶常用于构建氢酶-光催化混合复合体的构建,用于开展H2的光合生产[51-52].除了产氢特性外,对[NiFe]氢酶的H2氧化活性的研究也用于电化学燃料电池中,这些电池利用生物催化剂替代昂贵的铂催化剂[53].氢酶还已成功用于H2驱动的辅因子再生系统,用于回收NAD(H)和NADP(H)等昂贵辅酶,其效率高于NADH/NADPH氧化酶且能耗低、无需氧气参与[54]. ...
Enzymatic and bioinspired systems for hydrogen production
1
2023
... 虽然[FeFe]和[NiFe]氢酶在一级和二级结构上的同源性很低,但是这两类氢酶在催化位点的结构上异曲同工,具有在其催化位点上类似的特征性非蛋白配体,有着共同的电子转移特征,均可以催化氢气和质子、电子之间的相互转化,但是它们参与氢气裂解或合成的方式并不相同,体现了进化中实现的两种独立的解决方案.因此,[FeFe]和[NiFe]氢酶被认为是收敛进化最深刻的案例(收敛进化是指不同物种或群体在相似的环境条件下,独立演化出相似的形态、生理特征或行为的现象).[FeFe]氢酶主要分布在厌氧发酵微生物中,主要功能是通过产生氢气回收电子,利用氧化电子辅酶的反应使其循环利用,因此是细胞能量代谢的重要组成.而[NiFe]氢酶的功能十分多样,既可产氢也可用氢,或参与还原力的再生等[4548].依据其在细胞中的定位可分为可溶性及膜结合[NiFe]氢酶.可溶的胞内[NiFe]氢酶主要在能量代谢中催化氢气的氧化,可能是早期生命中的关键酶,代表了现代呼吸代谢的前身.[FeFe]或[NiFe]氢酶从细胞内分布的性质均可分为可溶性氢酶或膜结合型氢酶,膜结合型氢酶赋予氢酶更多的功能,可参与细胞最基础的能量转化反应,如组成电子呼吸链等功能,但是胞内可溶氢酶更适合组建ivSEB系统.与[NiFe]类型相比,[FeFe]氢酶催化H2合成的比酶活通常更佳,至少高出一个数量级或更高的效率,然而,该类氢酶对氧气更敏感.这两类金属类型不一的氢酶对氧气的敏感差异比较大,[FeFe]氢酶在存在微量氧气时大多会不可逆地失活,而许多[NiFe]氢酶虽也受氧气抑制,但是在去除氧气后可重新激活[49-50].基于两类氢酶不同的特性及各自的催化优势,它们已分别应用于不同领域,如[FeFe]氢酶常用于构建氢酶-光催化混合复合体的构建,用于开展H2的光合生产[51-52].除了产氢特性外,对[NiFe]氢酶的H2氧化活性的研究也用于电化学燃料电池中,这些电池利用生物催化剂替代昂贵的铂催化剂[53].氢酶还已成功用于H2驱动的辅因子再生系统,用于回收NAD(H)和NADP(H)等昂贵辅酶,其效率高于NADH/NADPH氧化酶且能耗低、无需氧气参与[54]. ...
A surface-display biohybrid approach to light-driven hydrogen production in air
1
2018
... 虽然[FeFe]和[NiFe]氢酶在一级和二级结构上的同源性很低,但是这两类氢酶在催化位点的结构上异曲同工,具有在其催化位点上类似的特征性非蛋白配体,有着共同的电子转移特征,均可以催化氢气和质子、电子之间的相互转化,但是它们参与氢气裂解或合成的方式并不相同,体现了进化中实现的两种独立的解决方案.因此,[FeFe]和[NiFe]氢酶被认为是收敛进化最深刻的案例(收敛进化是指不同物种或群体在相似的环境条件下,独立演化出相似的形态、生理特征或行为的现象).[FeFe]氢酶主要分布在厌氧发酵微生物中,主要功能是通过产生氢气回收电子,利用氧化电子辅酶的反应使其循环利用,因此是细胞能量代谢的重要组成.而[NiFe]氢酶的功能十分多样,既可产氢也可用氢,或参与还原力的再生等[4548].依据其在细胞中的定位可分为可溶性及膜结合[NiFe]氢酶.可溶的胞内[NiFe]氢酶主要在能量代谢中催化氢气的氧化,可能是早期生命中的关键酶,代表了现代呼吸代谢的前身.[FeFe]或[NiFe]氢酶从细胞内分布的性质均可分为可溶性氢酶或膜结合型氢酶,膜结合型氢酶赋予氢酶更多的功能,可参与细胞最基础的能量转化反应,如组成电子呼吸链等功能,但是胞内可溶氢酶更适合组建ivSEB系统.与[NiFe]类型相比,[FeFe]氢酶催化H2合成的比酶活通常更佳,至少高出一个数量级或更高的效率,然而,该类氢酶对氧气更敏感.这两类金属类型不一的氢酶对氧气的敏感差异比较大,[FeFe]氢酶在存在微量氧气时大多会不可逆地失活,而许多[NiFe]氢酶虽也受氧气抑制,但是在去除氧气后可重新激活[49-50].基于两类氢酶不同的特性及各自的催化优势,它们已分别应用于不同领域,如[FeFe]氢酶常用于构建氢酶-光催化混合复合体的构建,用于开展H2的光合生产[51-52].除了产氢特性外,对[NiFe]氢酶的H2氧化活性的研究也用于电化学燃料电池中,这些电池利用生物催化剂替代昂贵的铂催化剂[53].氢酶还已成功用于H2驱动的辅因子再生系统,用于回收NAD(H)和NADP(H)等昂贵辅酶,其效率高于NADH/NADPH氧化酶且能耗低、无需氧气参与[54]. ...
Redox-polymer-based high-current-density gas-diffusion H2-oxidation bioanode using [FeFe] hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans in a membrane-free biofuel cell
1
2020
... 虽然[FeFe]和[NiFe]氢酶在一级和二级结构上的同源性很低,但是这两类氢酶在催化位点的结构上异曲同工,具有在其催化位点上类似的特征性非蛋白配体,有着共同的电子转移特征,均可以催化氢气和质子、电子之间的相互转化,但是它们参与氢气裂解或合成的方式并不相同,体现了进化中实现的两种独立的解决方案.因此,[FeFe]和[NiFe]氢酶被认为是收敛进化最深刻的案例(收敛进化是指不同物种或群体在相似的环境条件下,独立演化出相似的形态、生理特征或行为的现象).[FeFe]氢酶主要分布在厌氧发酵微生物中,主要功能是通过产生氢气回收电子,利用氧化电子辅酶的反应使其循环利用,因此是细胞能量代谢的重要组成.而[NiFe]氢酶的功能十分多样,既可产氢也可用氢,或参与还原力的再生等[4548].依据其在细胞中的定位可分为可溶性及膜结合[NiFe]氢酶.可溶的胞内[NiFe]氢酶主要在能量代谢中催化氢气的氧化,可能是早期生命中的关键酶,代表了现代呼吸代谢的前身.[FeFe]或[NiFe]氢酶从细胞内分布的性质均可分为可溶性氢酶或膜结合型氢酶,膜结合型氢酶赋予氢酶更多的功能,可参与细胞最基础的能量转化反应,如组成电子呼吸链等功能,但是胞内可溶氢酶更适合组建ivSEB系统.与[NiFe]类型相比,[FeFe]氢酶催化H2合成的比酶活通常更佳,至少高出一个数量级或更高的效率,然而,该类氢酶对氧气更敏感.这两类金属类型不一的氢酶对氧气的敏感差异比较大,[FeFe]氢酶在存在微量氧气时大多会不可逆地失活,而许多[NiFe]氢酶虽也受氧气抑制,但是在去除氧气后可重新激活[49-50].基于两类氢酶不同的特性及各自的催化优势,它们已分别应用于不同领域,如[FeFe]氢酶常用于构建氢酶-光催化混合复合体的构建,用于开展H2的光合生产[51-52].除了产氢特性外,对[NiFe]氢酶的H2氧化活性的研究也用于电化学燃料电池中,这些电池利用生物催化剂替代昂贵的铂催化剂[53].氢酶还已成功用于H2驱动的辅因子再生系统,用于回收NAD(H)和NADP(H)等昂贵辅酶,其效率高于NADH/NADPH氧化酶且能耗低、无需氧气参与[54]. ...
Hydrogenase-based oxidative biocatalysis without oxygen
1
2023
... 虽然[FeFe]和[NiFe]氢酶在一级和二级结构上的同源性很低,但是这两类氢酶在催化位点的结构上异曲同工,具有在其催化位点上类似的特征性非蛋白配体,有着共同的电子转移特征,均可以催化氢气和质子、电子之间的相互转化,但是它们参与氢气裂解或合成的方式并不相同,体现了进化中实现的两种独立的解决方案.因此,[FeFe]和[NiFe]氢酶被认为是收敛进化最深刻的案例(收敛进化是指不同物种或群体在相似的环境条件下,独立演化出相似的形态、生理特征或行为的现象).[FeFe]氢酶主要分布在厌氧发酵微生物中,主要功能是通过产生氢气回收电子,利用氧化电子辅酶的反应使其循环利用,因此是细胞能量代谢的重要组成.而[NiFe]氢酶的功能十分多样,既可产氢也可用氢,或参与还原力的再生等[4548].依据其在细胞中的定位可分为可溶性及膜结合[NiFe]氢酶.可溶的胞内[NiFe]氢酶主要在能量代谢中催化氢气的氧化,可能是早期生命中的关键酶,代表了现代呼吸代谢的前身.[FeFe]或[NiFe]氢酶从细胞内分布的性质均可分为可溶性氢酶或膜结合型氢酶,膜结合型氢酶赋予氢酶更多的功能,可参与细胞最基础的能量转化反应,如组成电子呼吸链等功能,但是胞内可溶氢酶更适合组建ivSEB系统.与[NiFe]类型相比,[FeFe]氢酶催化H2合成的比酶活通常更佳,至少高出一个数量级或更高的效率,然而,该类氢酶对氧气更敏感.这两类金属类型不一的氢酶对氧气的敏感差异比较大,[FeFe]氢酶在存在微量氧气时大多会不可逆地失活,而许多[NiFe]氢酶虽也受氧气抑制,但是在去除氧气后可重新激活[49-50].基于两类氢酶不同的特性及各自的催化优势,它们已分别应用于不同领域,如[FeFe]氢酶常用于构建氢酶-光催化混合复合体的构建,用于开展H2的光合生产[51-52].除了产氢特性外,对[NiFe]氢酶的H2氧化活性的研究也用于电化学燃料电池中,这些电池利用生物催化剂替代昂贵的铂催化剂[53].氢酶还已成功用于H2驱动的辅因子再生系统,用于回收NAD(H)和NADP(H)等昂贵辅酶,其效率高于NADH/NADPH氧化酶且能耗低、无需氧气参与[54]. ...
Redox active motifs in selenoproteins
1
2014
... 另有一些[NiFe]氢酶的活性位点中含有硒代半胱氨酸(Sec),它取代了原有的半胱氨酸(Cys),这类氢酶有时也称为[NiFeSe]氢酶.Sec是Cys的同源氨基酸,几乎只存在于氧化还原酶的结构域中[55],它相比Cys降低了侧链的pKa,加强了亲核性,提升了相比同源的Cys更强的可逆的氧化性能[56],Sec的人工翻译已被证实可影响氢酶活性位点的电子性质、催化速率以及对氧的敏感性[57-59].Sec的人工翻译可由宿主细胞自主完成.它在信使核糖核酸的翻译区通过识别一种特种特异性的mRNA发夹环结构(也称为Sec插入序列)后,通过匹配UGA密码子插入到多肽链中[60].目前,通过利用并改造大肠杆菌的硒代半胱氨酸插入序列(selenocysteine insertion sequence, SECIS),并表达相应的tRNASec及针对性的延伸因子(SelB),可实现包括[NiFeSe]氢酶或其他含有Sec的蛋白的基因在大肠杆菌的重组表达[61]. ...
The selenocysteine toolbox: a guide to studying the 21st amino acid
1
2022
... 另有一些[NiFe]氢酶的活性位点中含有硒代半胱氨酸(Sec),它取代了原有的半胱氨酸(Cys),这类氢酶有时也称为[NiFeSe]氢酶.Sec是Cys的同源氨基酸,几乎只存在于氧化还原酶的结构域中[55],它相比Cys降低了侧链的pKa,加强了亲核性,提升了相比同源的Cys更强的可逆的氧化性能[56],Sec的人工翻译已被证实可影响氢酶活性位点的电子性质、催化速率以及对氧的敏感性[57-59].Sec的人工翻译可由宿主细胞自主完成.它在信使核糖核酸的翻译区通过识别一种特种特异性的mRNA发夹环结构(也称为Sec插入序列)后,通过匹配UGA密码子插入到多肽链中[60].目前,通过利用并改造大肠杆菌的硒代半胱氨酸插入序列(selenocysteine insertion sequence, SECIS),并表达相应的tRNASec及针对性的延伸因子(SelB),可实现包括[NiFeSe]氢酶或其他含有Sec的蛋白的基因在大肠杆菌的重组表达[61]. ...
Selenocysteine in thiol/disulfide-like exchange reactions
1
2013
... 另有一些[NiFe]氢酶的活性位点中含有硒代半胱氨酸(Sec),它取代了原有的半胱氨酸(Cys),这类氢酶有时也称为[NiFeSe]氢酶.Sec是Cys的同源氨基酸,几乎只存在于氧化还原酶的结构域中[55],它相比Cys降低了侧链的pKa,加强了亲核性,提升了相比同源的Cys更强的可逆的氧化性能[56],Sec的人工翻译已被证实可影响氢酶活性位点的电子性质、催化速率以及对氧的敏感性[57-59].Sec的人工翻译可由宿主细胞自主完成.它在信使核糖核酸的翻译区通过识别一种特种特异性的mRNA发夹环结构(也称为Sec插入序列)后,通过匹配UGA密码子插入到多肽链中[60].目前,通过利用并改造大肠杆菌的硒代半胱氨酸插入序列(selenocysteine insertion sequence, SECIS),并表达相应的tRNASec及针对性的延伸因子(SelB),可实现包括[NiFeSe]氢酶或其他含有Sec的蛋白的基因在大肠杆菌的重组表达[61]. ...
The direct role of selenocysteine in [NiFeSe] hydrogenase maturation and catalysis
0
2017
Importance of the active site “canopy” residues in an O2-tolerant [NiFe]-hydrogenase
1
2017
... 另有一些[NiFe]氢酶的活性位点中含有硒代半胱氨酸(Sec),它取代了原有的半胱氨酸(Cys),这类氢酶有时也称为[NiFeSe]氢酶.Sec是Cys的同源氨基酸,几乎只存在于氧化还原酶的结构域中[55],它相比Cys降低了侧链的pKa,加强了亲核性,提升了相比同源的Cys更强的可逆的氧化性能[56],Sec的人工翻译已被证实可影响氢酶活性位点的电子性质、催化速率以及对氧的敏感性[57-59].Sec的人工翻译可由宿主细胞自主完成.它在信使核糖核酸的翻译区通过识别一种特种特异性的mRNA发夹环结构(也称为Sec插入序列)后,通过匹配UGA密码子插入到多肽链中[60].目前,通过利用并改造大肠杆菌的硒代半胱氨酸插入序列(selenocysteine insertion sequence, SECIS),并表达相应的tRNASec及针对性的延伸因子(SelB),可实现包括[NiFeSe]氢酶或其他含有Sec的蛋白的基因在大肠杆菌的重组表达[61]. ...
Assessing historical and projected carbon balance of Alaska: a synthesis of results and policy/management implications
1
2018
... 另有一些[NiFe]氢酶的活性位点中含有硒代半胱氨酸(Sec),它取代了原有的半胱氨酸(Cys),这类氢酶有时也称为[NiFeSe]氢酶.Sec是Cys的同源氨基酸,几乎只存在于氧化还原酶的结构域中[55],它相比Cys降低了侧链的pKa,加强了亲核性,提升了相比同源的Cys更强的可逆的氧化性能[56],Sec的人工翻译已被证实可影响氢酶活性位点的电子性质、催化速率以及对氧的敏感性[57-59].Sec的人工翻译可由宿主细胞自主完成.它在信使核糖核酸的翻译区通过识别一种特种特异性的mRNA发夹环结构(也称为Sec插入序列)后,通过匹配UGA密码子插入到多肽链中[60].目前,通过利用并改造大肠杆菌的硒代半胱氨酸插入序列(selenocysteine insertion sequence, SECIS),并表达相应的tRNASec及针对性的延伸因子(SelB),可实现包括[NiFeSe]氢酶或其他含有Sec的蛋白的基因在大肠杆菌的重组表达[61]. ...
Harnessing selenocysteine to enhance microbial cell factories for hydrogen production
1
2022
... 另有一些[NiFe]氢酶的活性位点中含有硒代半胱氨酸(Sec),它取代了原有的半胱氨酸(Cys),这类氢酶有时也称为[NiFeSe]氢酶.Sec是Cys的同源氨基酸,几乎只存在于氧化还原酶的结构域中[55],它相比Cys降低了侧链的pKa,加强了亲核性,提升了相比同源的Cys更强的可逆的氧化性能[56],Sec的人工翻译已被证实可影响氢酶活性位点的电子性质、催化速率以及对氧的敏感性[57-59].Sec的人工翻译可由宿主细胞自主完成.它在信使核糖核酸的翻译区通过识别一种特种特异性的mRNA发夹环结构(也称为Sec插入序列)后,通过匹配UGA密码子插入到多肽链中[60].目前,通过利用并改造大肠杆菌的硒代半胱氨酸插入序列(selenocysteine insertion sequence, SECIS),并表达相应的tRNASec及针对性的延伸因子(SelB),可实现包括[NiFeSe]氢酶或其他含有Sec的蛋白的基因在大肠杆菌的重组表达[61]. ...
O2-independent formation of the inactive states of NiFe hydrogenase
1
2013
... 氢酶因其高效的产氢或氢电转换性能,在生物产氢及燃料电池开发中起着重要作用,然而对氧的高度敏感性限制了其应用范围.过去三十年间,为了揭示对氧敏感的分子机制,研究人员开展了大量的实验和理论探索[62].通过对来自不同生物体的氢酶进行的遗传生物学、结构生物学、电化学和光谱学等领域的系统研究,揭示了一部分氢酶活性位点的作用、分子伴侣的参与、亲水性空腔的水运动、气体扩散的影响、质子转移途径及对多聚体结构的依赖等多因素影响机制[63-65],并对其催化位点开展了分子动力学模拟、密度泛函理论计算、体积溶剂可及性图等计算分析,这些研究为增加氢酶的氧耐受性的突变设计提供了重要线索[66].探究氧气是否使氢酶失活而广泛使用的实验技术是蛋白质膜伏安法(PFV),该技术能够精确测量被吸附蛋白质的酶活性.早期研究用PFV研究了在不同条件下(氧气浓度、氢气浓度和或氧化还原电位不同)的氢酶失活动力学,发现[NiFe]和[FeFe]氢酶经历不同的中间状态,以显著不同的速率失活[67-68].[NiFe]氢酶在饱和空气缓冲液中的半衰期约为几十分钟,一些[NiFe]氢酶能够从氧气失活状态中重新激活,而[FeFe]氢酶的半衰期大约为几十秒,只能在有限程度上从氧气结合状态重新激活[6669-70].氢酶的酶活恢复速率取决于氢气浓度、氧气暴露时间和氧化还原电位等失活条件[6668]. ...
Structure, function and biosynthesis of O?-tolerant hydrogenases
1
2013
... 氢酶因其高效的产氢或氢电转换性能,在生物产氢及燃料电池开发中起着重要作用,然而对氧的高度敏感性限制了其应用范围.过去三十年间,为了揭示对氧敏感的分子机制,研究人员开展了大量的实验和理论探索[62].通过对来自不同生物体的氢酶进行的遗传生物学、结构生物学、电化学和光谱学等领域的系统研究,揭示了一部分氢酶活性位点的作用、分子伴侣的参与、亲水性空腔的水运动、气体扩散的影响、质子转移途径及对多聚体结构的依赖等多因素影响机制[63-65],并对其催化位点开展了分子动力学模拟、密度泛函理论计算、体积溶剂可及性图等计算分析,这些研究为增加氢酶的氧耐受性的突变设计提供了重要线索[66].探究氧气是否使氢酶失活而广泛使用的实验技术是蛋白质膜伏安法(PFV),该技术能够精确测量被吸附蛋白质的酶活性.早期研究用PFV研究了在不同条件下(氧气浓度、氢气浓度和或氧化还原电位不同)的氢酶失活动力学,发现[NiFe]和[FeFe]氢酶经历不同的中间状态,以显著不同的速率失活[67-68].[NiFe]氢酶在饱和空气缓冲液中的半衰期约为几十分钟,一些[NiFe]氢酶能够从氧气失活状态中重新激活,而[FeFe]氢酶的半衰期大约为几十秒,只能在有限程度上从氧气结合状态重新激活[6669-70].氢酶的酶活恢复速率取决于氢气浓度、氧气暴露时间和氧化还原电位等失活条件[6668]. ...
Characterization of a unique [FeS] cluster in the electron transfer chain of the oxygen tolerant [NiFe] hydrogenase from Aquifex aeolicus
1
2011
... 对[NiFe]氢酶的氧失活机制研究发现,如同[FeFe]氢酶那样,氧气也会进入并结合到氢酶的活性位点,但对已知的具有氧气耐受性的[NiFe]氢酶来说,这种结合是可逆的,不会导致酶的不可逆降解;通常氧气会迅速通过利用质子和电子还原为水分子,并留下一个羟基固定在活性位点上,然后消耗一组质子和电子以另一个水分子的形式去除羟基[78-80].这些实验和理论研究提出了导致羟基结合和完全重新激活状态的多种途径,它们都强调了向氧气结合的活性位点迅速提供质子和电子的重要性[81-85].活性位点附近的特定残基被认为负责质子转移,而靠近活性位点的Fe-S簇被认为是电子的来源.研究证实了具有额外两个半胱氨酸的非常规[4Fe-3S]邻近簇对于一些[NiFe]氢酶的氧气耐受性至关重要[648286-87],这是由于在Fe-S簇附近的额外的半胱氨酸使电子能够快速传递到活性位点,有助于氢酶的脱氧和耐受. ...
How the oxygen tolerance of a [NiFe]-hydrogenase depends on quaternary structure
1
2016
... 氢酶因其高效的产氢或氢电转换性能,在生物产氢及燃料电池开发中起着重要作用,然而对氧的高度敏感性限制了其应用范围.过去三十年间,为了揭示对氧敏感的分子机制,研究人员开展了大量的实验和理论探索[62].通过对来自不同生物体的氢酶进行的遗传生物学、结构生物学、电化学和光谱学等领域的系统研究,揭示了一部分氢酶活性位点的作用、分子伴侣的参与、亲水性空腔的水运动、气体扩散的影响、质子转移途径及对多聚体结构的依赖等多因素影响机制[63-65],并对其催化位点开展了分子动力学模拟、密度泛函理论计算、体积溶剂可及性图等计算分析,这些研究为增加氢酶的氧耐受性的突变设计提供了重要线索[66].探究氧气是否使氢酶失活而广泛使用的实验技术是蛋白质膜伏安法(PFV),该技术能够精确测量被吸附蛋白质的酶活性.早期研究用PFV研究了在不同条件下(氧气浓度、氢气浓度和或氧化还原电位不同)的氢酶失活动力学,发现[NiFe]和[FeFe]氢酶经历不同的中间状态,以显著不同的速率失活[67-68].[NiFe]氢酶在饱和空气缓冲液中的半衰期约为几十分钟,一些[NiFe]氢酶能够从氧气失活状态中重新激活,而[FeFe]氢酶的半衰期大约为几十秒,只能在有限程度上从氧气结合状态重新激活[6669-70].氢酶的酶活恢复速率取决于氢气浓度、氧气暴露时间和氧化还原电位等失活条件[6668]. ...
Mechanism of O2 diffusion and reduction in FeFe hydrogenases
3
2017
... 氢酶因其高效的产氢或氢电转换性能,在生物产氢及燃料电池开发中起着重要作用,然而对氧的高度敏感性限制了其应用范围.过去三十年间,为了揭示对氧敏感的分子机制,研究人员开展了大量的实验和理论探索[62].通过对来自不同生物体的氢酶进行的遗传生物学、结构生物学、电化学和光谱学等领域的系统研究,揭示了一部分氢酶活性位点的作用、分子伴侣的参与、亲水性空腔的水运动、气体扩散的影响、质子转移途径及对多聚体结构的依赖等多因素影响机制[63-65],并对其催化位点开展了分子动力学模拟、密度泛函理论计算、体积溶剂可及性图等计算分析,这些研究为增加氢酶的氧耐受性的突变设计提供了重要线索[66].探究氧气是否使氢酶失活而广泛使用的实验技术是蛋白质膜伏安法(PFV),该技术能够精确测量被吸附蛋白质的酶活性.早期研究用PFV研究了在不同条件下(氧气浓度、氢气浓度和或氧化还原电位不同)的氢酶失活动力学,发现[NiFe]和[FeFe]氢酶经历不同的中间状态,以显著不同的速率失活[67-68].[NiFe]氢酶在饱和空气缓冲液中的半衰期约为几十分钟,一些[NiFe]氢酶能够从氧气失活状态中重新激活,而[FeFe]氢酶的半衰期大约为几十秒,只能在有限程度上从氧气结合状态重新激活[6669-70].氢酶的酶活恢复速率取决于氢气浓度、氧气暴露时间和氧化还原电位等失活条件[6668]. ...

①通过连二亚硫酸钠还原的MV每毫克蛋白质每分钟产生的氢气(μmol). ...
Molecular characterization and transcriptional analysis of the putative hydrogenase gene of Clostridium acetobutylicum ATCC 824
1
1996
... 为了能够利用氢酶开展应用研究,或者对其催化机理进行深入解析,研究人员需要获取足量的氢酶,但却往往受限于氢酶的胞内浓度不高,或是其原宿主细胞发酵密度低.此外,天然氢酶缺乏利于纯化的亲和标签肽,导致纯化过程中酶活的损失较大,因此,急需对氢酶开展重组表达.几十年以来,研究人员一直在尝试各种表达策略,开展了[FeFe]和[NiFe]氢酶的同源或异源重组生产.但是由于对氢酶翻译后成熟机理的理解不多,2010年以前外源表达功能性的[FeFe]氢酶的尝试只取得了有限的成功,主要是由于异源宿主无法合成完整的H-簇,导致获得的要么是无催化活性的apo-酶[96-97],或者只能获得活性很低的重组酶[98-99].但这些初期的尝试让研究人员发现了氢酶表达需要完备的成熟蛋白体系,同时也认识到其对氧的高敏感性带来的纯化挑战,这些前期经验对后期氢酶的重组表达工作积累了宝贵的经验.因此,近十几年来,世界各地研究人员先后通过使用同源和异源宿主成功表达了多种[FeFe]氢酶(表1)或[NiFe]氢酶(表2).其中,利用成熟的大肠杆菌进行[NiFe]氢酶过表达的突破由美国佐治亚大学的研究组实现,他们在大肠杆菌中过表达高温古菌Pf SHⅠ的四个结构基因和九个成熟基因(hypABFCDEhycIslyDfrxA)[43],实现了有活性高温氢酶的重组生产,并且通过组氨酸标签的使用,大大降低了氢酶的纯化成本和难度.研究还表明,即使在异源重组表达时,也不是所有的氢酶加工蛋白都需要共表达.研究发现,只需过表达结构基因和氢酶大亚基的成熟蛋白酶(FrxA),大肠杆菌就可产生有活性的Pf SHⅠ.重组氢酶的比酶活相比天然氢酶相距较远,这表明在厌氧发酵时,大肠杆菌膜结合氢酶相关成熟蛋白也可参与外源高温氢酶的翻译后加工,尽管其效率不及天然高温成熟蛋白.由此,利用天然宿主(同源重组表达)或其亲缘较近物种进行重组氢酶基因表达,更容易实现功能性氢酶的过表达生产.例如,Desulfovibrio gigas的[NiFe]氢酶可成功地在Desulfovibrio fructosovorans MR400中重组表达,这两种微生物的氢酶亚基显示出64%的同源性和80%的相似性.Song等[45]使用与火球菌P. furiosus亲缘关系相近的Theromococcus kodakarensis KOD1作为底盘细胞,通过穿梭质粒高效表达并纯化了P. furiosus来源的可溶性氢酶SHⅠ.另一来自嗜氢高温菌Hydrogenophilus thermoluteolus TH-1的[NiFe]氢酶也成功地在常温嗜氢菌Ralstonia euatropha H16中成功表达,并进行了活性氢酶的性能表征[135].但是利用高温古菌进行同源重组表达也面临微生物发酵密度低、酶表达量不足的困境,因此,开展研究实现高温古菌的高密度发酵,或者着力提升氢酶异源表达的加工效率仍然十分必要[136]. ...
Complete activity profile of Clostridium acetobutylicum [FeFe]-hydrogenase and kinetic parameters for endogenous redox partners
2
2007
... References
①通过连二亚硫酸钠还原的MV每毫克蛋白质每分钟产生的氢气(μmol). ...
Enzymatic and spectroscopic properties of a thermostable [NiFe]- hydrogenase performing H2-driven NAD+-reduction in the presence of O2
1
2018
... 为了能够利用氢酶开展应用研究,或者对其催化机理进行深入解析,研究人员需要获取足量的氢酶,但却往往受限于氢酶的胞内浓度不高,或是其原宿主细胞发酵密度低.此外,天然氢酶缺乏利于纯化的亲和标签肽,导致纯化过程中酶活的损失较大,因此,急需对氢酶开展重组表达.几十年以来,研究人员一直在尝试各种表达策略,开展了[FeFe]和[NiFe]氢酶的同源或异源重组生产.但是由于对氢酶翻译后成熟机理的理解不多,2010年以前外源表达功能性的[FeFe]氢酶的尝试只取得了有限的成功,主要是由于异源宿主无法合成完整的H-簇,导致获得的要么是无催化活性的apo-酶[96-97],或者只能获得活性很低的重组酶[98-99].但这些初期的尝试让研究人员发现了氢酶表达需要完备的成熟蛋白体系,同时也认识到其对氧的高敏感性带来的纯化挑战,这些前期经验对后期氢酶的重组表达工作积累了宝贵的经验.因此,近十几年来,世界各地研究人员先后通过使用同源和异源宿主成功表达了多种[FeFe]氢酶(表1)或[NiFe]氢酶(表2).其中,利用成熟的大肠杆菌进行[NiFe]氢酶过表达的突破由美国佐治亚大学的研究组实现,他们在大肠杆菌中过表达高温古菌Pf SHⅠ的四个结构基因和九个成熟基因(hypABFCDEhycIslyDfrxA)[43],实现了有活性高温氢酶的重组生产,并且通过组氨酸标签的使用,大大降低了氢酶的纯化成本和难度.研究还表明,即使在异源重组表达时,也不是所有的氢酶加工蛋白都需要共表达.研究发现,只需过表达结构基因和氢酶大亚基的成熟蛋白酶(FrxA),大肠杆菌就可产生有活性的Pf SHⅠ.重组氢酶的比酶活相比天然氢酶相距较远,这表明在厌氧发酵时,大肠杆菌膜结合氢酶相关成熟蛋白也可参与外源高温氢酶的翻译后加工,尽管其效率不及天然高温成熟蛋白.由此,利用天然宿主(同源重组表达)或其亲缘较近物种进行重组氢酶基因表达,更容易实现功能性氢酶的过表达生产.例如,Desulfovibrio gigas的[NiFe]氢酶可成功地在Desulfovibrio fructosovorans MR400中重组表达,这两种微生物的氢酶亚基显示出64%的同源性和80%的相似性.Song等[45]使用与火球菌P. furiosus亲缘关系相近的Theromococcus kodakarensis KOD1作为底盘细胞,通过穿梭质粒高效表达并纯化了P. furiosus来源的可溶性氢酶SHⅠ.另一来自嗜氢高温菌Hydrogenophilus thermoluteolus TH-1的[NiFe]氢酶也成功地在常温嗜氢菌Ralstonia euatropha H16中成功表达,并进行了活性氢酶的性能表征[135].但是利用高温古菌进行同源重组表达也面临微生物发酵密度低、酶表达量不足的困境,因此,开展研究实现高温古菌的高密度发酵,或者着力提升氢酶异源表达的加工效率仍然十分必要[136]. ...
Strategies for reliable and improved large-scale production of Pyrococcus furiosus with integrated purification of hydrogenaseⅠ
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2014
... 为了能够利用氢酶开展应用研究,或者对其催化机理进行深入解析,研究人员需要获取足量的氢酶,但却往往受限于氢酶的胞内浓度不高,或是其原宿主细胞发酵密度低.此外,天然氢酶缺乏利于纯化的亲和标签肽,导致纯化过程中酶活的损失较大,因此,急需对氢酶开展重组表达.几十年以来,研究人员一直在尝试各种表达策略,开展了[FeFe]和[NiFe]氢酶的同源或异源重组生产.但是由于对氢酶翻译后成熟机理的理解不多,2010年以前外源表达功能性的[FeFe]氢酶的尝试只取得了有限的成功,主要是由于异源宿主无法合成完整的H-簇,导致获得的要么是无催化活性的apo-酶[96-97],或者只能获得活性很低的重组酶[98-99].但这些初期的尝试让研究人员发现了氢酶表达需要完备的成熟蛋白体系,同时也认识到其对氧的高敏感性带来的纯化挑战,这些前期经验对后期氢酶的重组表达工作积累了宝贵的经验.因此,近十几年来,世界各地研究人员先后通过使用同源和异源宿主成功表达了多种[FeFe]氢酶(表1)或[NiFe]氢酶(表2).其中,利用成熟的大肠杆菌进行[NiFe]氢酶过表达的突破由美国佐治亚大学的研究组实现,他们在大肠杆菌中过表达高温古菌Pf SHⅠ的四个结构基因和九个成熟基因(hypABFCDEhycIslyDfrxA)[43],实现了有活性高温氢酶的重组生产,并且通过组氨酸标签的使用,大大降低了氢酶的纯化成本和难度.研究还表明,即使在异源重组表达时,也不是所有的氢酶加工蛋白都需要共表达.研究发现,只需过表达结构基因和氢酶大亚基的成熟蛋白酶(FrxA),大肠杆菌就可产生有活性的Pf SHⅠ.重组氢酶的比酶活相比天然氢酶相距较远,这表明在厌氧发酵时,大肠杆菌膜结合氢酶相关成熟蛋白也可参与外源高温氢酶的翻译后加工,尽管其效率不及天然高温成熟蛋白.由此,利用天然宿主(同源重组表达)或其亲缘较近物种进行重组氢酶基因表达,更容易实现功能性氢酶的过表达生产.例如,Desulfovibrio gigas的[NiFe]氢酶可成功地在Desulfovibrio fructosovorans MR400中重组表达,这两种微生物的氢酶亚基显示出64%的同源性和80%的相似性.Song等[45]使用与火球菌P. furiosus亲缘关系相近的Theromococcus kodakarensis KOD1作为底盘细胞,通过穿梭质粒高效表达并纯化了P. furiosus来源的可溶性氢酶SHⅠ.另一来自嗜氢高温菌Hydrogenophilus thermoluteolus TH-1的[NiFe]氢酶也成功地在常温嗜氢菌Ralstonia euatropha H16中成功表达,并进行了活性氢酶的性能表征[135].但是利用高温古菌进行同源重组表达也面临微生物发酵密度低、酶表达量不足的困境,因此,开展研究实现高温古菌的高密度发酵,或者着力提升氢酶异源表达的加工效率仍然十分必要[136]. ...
[NiFe]-hydrogenase maturation in vitro: analysis of the roles of the HybG and HypD accessory proteins 1
1
2014
... 近年来,无细胞蛋白表达技术的进步也让研究人员开始寻求使用体外加工途径开展氢酶的翻译后成熟,Pagnier等[137-138]先利用重组表达获取氢酶,再针对apo-氢酶利用化学合成的辅因子进行氢酶的活性中心加工,生产了具有功能活性的氢酶.此外,氢酶重组研究的另一个重要方向是最小化人工氢酶蛋白的进化和表达,这项研究可为化学仿真氢酶的开发提供原始氢酶模型,并促进人工仿酶在电化学中的应用[139].为了促进更广阔的生物技术应用,理想的重组氢酶不仅应具备较高的氧耐受性和催化稳定性,还应拓展其对辅酶(电子供体/受体)的适应性,使其具有天然氢酶所没有的酶学特征,从而避免使用昂贵的天然辅酶[140],这些要求为氢酶的老酶新用改造或者性能的革命性进步指出了研究方向. ...
[FeFe]- hydrogenase in vitro maturation
1
2022
... 近年来,无细胞蛋白表达技术的进步也让研究人员开始寻求使用体外加工途径开展氢酶的翻译后成熟,Pagnier等[137-138]先利用重组表达获取氢酶,再针对apo-氢酶利用化学合成的辅因子进行氢酶的活性中心加工,生产了具有功能活性的氢酶.此外,氢酶重组研究的另一个重要方向是最小化人工氢酶蛋白的进化和表达,这项研究可为化学仿真氢酶的开发提供原始氢酶模型,并促进人工仿酶在电化学中的应用[139].为了促进更广阔的生物技术应用,理想的重组氢酶不仅应具备较高的氧耐受性和催化稳定性,还应拓展其对辅酶(电子供体/受体)的适应性,使其具有天然氢酶所没有的酶学特征,从而避免使用昂贵的天然辅酶[140],这些要求为氢酶的老酶新用改造或者性能的革命性进步指出了研究方向. ...
Synthetic cascades are enabled by combining biocatalysts with artificial metalloenzymes
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2013
... 近年来,无细胞蛋白表达技术的进步也让研究人员开始寻求使用体外加工途径开展氢酶的翻译后成熟,Pagnier等[137-138]先利用重组表达获取氢酶,再针对apo-氢酶利用化学合成的辅因子进行氢酶的活性中心加工,生产了具有功能活性的氢酶.此外,氢酶重组研究的另一个重要方向是最小化人工氢酶蛋白的进化和表达,这项研究可为化学仿真氢酶的开发提供原始氢酶模型,并促进人工仿酶在电化学中的应用[139].为了促进更广阔的生物技术应用,理想的重组氢酶不仅应具备较高的氧耐受性和催化稳定性,还应拓展其对辅酶(电子供体/受体)的适应性,使其具有天然氢酶所没有的酶学特征,从而避免使用昂贵的天然辅酶[140],这些要求为氢酶的老酶新用改造或者性能的革命性进步指出了研究方向. ...
Artificial metalloenzymes based on protein assembly
1
2022
... 近年来,无细胞蛋白表达技术的进步也让研究人员开始寻求使用体外加工途径开展氢酶的翻译后成熟,Pagnier等[137-138]先利用重组表达获取氢酶,再针对apo-氢酶利用化学合成的辅因子进行氢酶的活性中心加工,生产了具有功能活性的氢酶.此外,氢酶重组研究的另一个重要方向是最小化人工氢酶蛋白的进化和表达,这项研究可为化学仿真氢酶的开发提供原始氢酶模型,并促进人工仿酶在电化学中的应用[139].为了促进更广阔的生物技术应用,理想的重组氢酶不仅应具备较高的氧耐受性和催化稳定性,还应拓展其对辅酶(电子供体/受体)的适应性,使其具有天然氢酶所没有的酶学特征,从而避免使用昂贵的天然辅酶[140],这些要求为氢酶的老酶新用改造或者性能的革命性进步指出了研究方向. ...
Artificial hydrogenase: biomimetic approaches controlling active molecular catalysts
1
2015
... 除了开发蛋白类新型酶种,非多肽仿真人工催化剂的研究也备受重视.例如,仿真人工氢酶可以弥补天然氢酶在应用中的诸多挑战,如获取成本高、对氧超级敏感等.因此,研究人员正着力于通过对氢酶活性中心的结构及化学配位原则进行探究,利用金属有机物设计并模拟出天然氢酶的活性位点,获得可以实现氢气的氧化及质子还原功能的仿真催化剂[141],这类氢酶仿真催化剂的开发依赖于研究人员对天然氢酶结构和功能的了解.1995年,Volbeda等[142]解析了来自Desulfovivrio gigas的[NiFe]氢酶的首个2.85 ?(1 ?=0.1 nm)晶体结构,推动了氢酶仿真物的研究,开发出了一系列模拟复合物作为H2生产的催化剂.同时有研究表明,[FeFe]氢酶在质子还原为H2的过程中效率最高,其转化频率可高达104 s-1[143],研究人员通过模拟H簇的双铁位点,使用azadithiolate(ADT)连接[FeFe]氢酶的两个铁原子后,实现[FeFe]氢酶金属簇的仿生模拟[144]. ...
Crystal structure of the nickel-iron hydrogenase from Desulfovibrio gigas
1
1995
... 除了开发蛋白类新型酶种,非多肽仿真人工催化剂的研究也备受重视.例如,仿真人工氢酶可以弥补天然氢酶在应用中的诸多挑战,如获取成本高、对氧超级敏感等.因此,研究人员正着力于通过对氢酶活性中心的结构及化学配位原则进行探究,利用金属有机物设计并模拟出天然氢酶的活性位点,获得可以实现氢气的氧化及质子还原功能的仿真催化剂[141],这类氢酶仿真催化剂的开发依赖于研究人员对天然氢酶结构和功能的了解.1995年,Volbeda等[142]解析了来自Desulfovivrio gigas的[NiFe]氢酶的首个2.85 ?(1 ?=0.1 nm)晶体结构,推动了氢酶仿真物的研究,开发出了一系列模拟复合物作为H2生产的催化剂.同时有研究表明,[FeFe]氢酶在质子还原为H2的过程中效率最高,其转化频率可高达104 s-1[143],研究人员通过模拟H簇的双铁位点,使用azadithiolate(ADT)连接[FeFe]氢酶的两个铁原子后,实现[FeFe]氢酶金属簇的仿生模拟[144]. ...
Novel [FeFe]-hydrogenase mimics: unexpected course of the reaction of ferrocenyl α-thienyl thioketone with Fe3(CO)12
1
2022
... 除了开发蛋白类新型酶种,非多肽仿真人工催化剂的研究也备受重视.例如,仿真人工氢酶可以弥补天然氢酶在应用中的诸多挑战,如获取成本高、对氧超级敏感等.因此,研究人员正着力于通过对氢酶活性中心的结构及化学配位原则进行探究,利用金属有机物设计并模拟出天然氢酶的活性位点,获得可以实现氢气的氧化及质子还原功能的仿真催化剂[141],这类氢酶仿真催化剂的开发依赖于研究人员对天然氢酶结构和功能的了解.1995年,Volbeda等[142]解析了来自Desulfovivrio gigas的[NiFe]氢酶的首个2.85 ?(1 ?=0.1 nm)晶体结构,推动了氢酶仿真物的研究,开发出了一系列模拟复合物作为H2生产的催化剂.同时有研究表明,[FeFe]氢酶在质子还原为H2的过程中效率最高,其转化频率可高达104 s-1[143],研究人员通过模拟H簇的双铁位点,使用azadithiolate(ADT)连接[FeFe]氢酶的两个铁原子后,实现[FeFe]氢酶金属簇的仿生模拟[144]. ...
Current state of [FeFe]-hydrogenase research: biodiversity and spectroscopic investigations
1
2020
... 除了开发蛋白类新型酶种,非多肽仿真人工催化剂的研究也备受重视.例如,仿真人工氢酶可以弥补天然氢酶在应用中的诸多挑战,如获取成本高、对氧超级敏感等.因此,研究人员正着力于通过对氢酶活性中心的结构及化学配位原则进行探究,利用金属有机物设计并模拟出天然氢酶的活性位点,获得可以实现氢气的氧化及质子还原功能的仿真催化剂[141],这类氢酶仿真催化剂的开发依赖于研究人员对天然氢酶结构和功能的了解.1995年,Volbeda等[142]解析了来自Desulfovivrio gigas的[NiFe]氢酶的首个2.85 ?(1 ?=0.1 nm)晶体结构,推动了氢酶仿真物的研究,开发出了一系列模拟复合物作为H2生产的催化剂.同时有研究表明,[FeFe]氢酶在质子还原为H2的过程中效率最高,其转化频率可高达104 s-1[143],研究人员通过模拟H簇的双铁位点,使用azadithiolate(ADT)连接[FeFe]氢酶的两个铁原子后,实现[FeFe]氢酶金属簇的仿生模拟[144]. ...
体外生物转化(ivBT):生物制造的新前沿
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2024
... 体外多酶分子机器是一种由多个酶分子构建的无细胞(或胞外)催化系统[145],这些酶分子构成精心设计的反应链或人工代谢途径,协同工作,可大幅提升催化效率和反应的特异性.多酶分子机器通过模拟这种自然界的多酶系统,可以执行通常在细胞内才能完成的复杂生化反应,设计出人工多酶催化系统,可用于工业生产、药物合成和生物传感器等领域.例如,以淀粉为原料人工合成肌醇(一种广泛应用于医药、保健品和化妆品等领域的维生素B8),利用多种酶催化实现高效转化,得率高达98.9%,解决了传统生产方法原料供应不足和成本高等问题.该技术已成功实现工业化,成为全球首个体外合成生物学的成功范例[145].葡萄糖或其多聚淀粉是一种天然储能载体.ivSEB制氢技术的突破让淀粉有可能成为新储氢载体或储电介质,其储氢质量密度超过14%,储电密度超过3000 W·h/kg淀粉,远高于压缩氢气[146].此外,淀粉来源广泛,易于收集和运输且性质稳定,因此,若以淀粉作为储氢原料,可用于氢能的转化和运输,能够克服氢气储存难的风险.张以恒教授于2007年首次将自然界不同来源的酶元件组装成人工代谢途径,该体外生物转化法(ivSEB)制氢则可以提升制氢效率,是一种绿色、经济可行、高得率的碳中性氢生产方式[21].如图3所示,该体系以淀粉为底物,精巧地设计了一个人工代谢途径,将蕴含于植物大分子淀粉中的还原能级联释放,对糖分子实现完全氧化,其绿氢得率接近100%.与微生物发酵法不同,ivSEB避免了细胞工厂需满足的生存需求(如新陈代谢、细胞维护和复制),避免了生物体代谢中的能量损失;这种体外代谢途径无需制造维持生命的数以千计的不同蛋白,仅包含制造特定产品所需的酶蛋白. ...

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