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    1. 蛋白质稳定性计算设计与定向进化前沿工具
    阮青云, 黄莘, 孟子钧, 全舒
    合成生物学    2023, 4 (1): 5-29.   DOI: 10.12211/2096-8280.2022-038
    摘要4405)   HTML477)    PDF(pc) (2169KB)(7830)    收藏

    天然蛋白质具有临界稳定性的特征,这种较低的稳定性使蛋白质结构具有足够的灵活性,从而支持其发挥生物学功能。然而,临界稳定性使得蛋白质遭受胁迫压力后极易发生错误折叠并失去功能,导致天然蛋白质往往无法满足科学研究与工业应用的需求。此外,体内蛋白质在错误折叠后产生的聚集沉淀被认为是多种疾病发生发展的原因,包括阿尔兹海默病、帕金森综合征等。因此,优化蛋白质的稳定性是科学研究与工程应用领域亟待解决的关键问题。本文从蛋白质的折叠与稳定性机制出发,聚焦于序列优化与折叠环境优化两种改善蛋白质稳定性的手段,综述了基于理性设计、计算机辅助设计改善蛋白质稳定性的研究方法,介绍了用于高通量筛选蛋白质稳定化突变体或折叠相关因子的定向进化技术。通过多项蛋白质序列改良、折叠环境优化的案例介绍,展示了蛋白质稳定化技术在蛋白质工程与生物医药领域的广阔应用,包括酶的稳定化设计、疫苗蛋白质的构象控制、分子伴侣与蛋白质聚集抑制剂的筛选、蛋白质稳态药物的开发等。最后,展望了蛋白质稳定化技术未来的研究方向与前景,定制化的蛋白质稳定性检测技术将会迎来蓬勃发展。

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    2. 解脂耶氏酵母底盘细胞的工程改造及应用
    孙美莉, 王凯峰, 陆然, 纪晓俊
    合成生物学    2023, 4 (4): 779-807.   DOI: 10.12211/2096-8280.2022-060
    摘要2647)   HTML294)    PDF(pc) (2749KB)(7395)    收藏

    基于性能卓越的微生物底盘细胞,开发高效的绿色生物制造技术,已经成为合成生物学领域的研究前沿。解脂耶氏酵母作为一种非常规产油酵母,由于其独特的生理生化特征,正迅速成为面向绿色生物制造的合成生物学研究领域的热门底盘细胞之一。近年来,围绕解脂耶氏酵母底盘细胞工程改造的研究与应用日益增多,促进了解脂耶氏酵母底盘细胞的进一步升级。本文总结了针对解脂耶氏酵母底盘细胞的工程改造策略及其在生物制造中的应用,从遗传改造技术及工具开发,基因的表达与调控策略等方面介绍各类合成生物学工具及技术在解脂耶氏酵母中的研究进展,并从底盘细胞合成高附加值产品的研究进展方面介绍了其工程改造效果。最后,对解脂耶氏酵母底盘细胞的应用前景和未来发展方向进行了展望。

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    3. 光遗传学照进生物医学研究进展
    于袁欢, 周阳, 王欣怡, 孔德强, 叶海峰
    合成生物学    2023, 4 (1): 102-140.   DOI: 10.12211/2096-8280.2022-030
    摘要2915)   HTML223)    PDF(pc) (5942KB)(6246)    收藏

    近年来,光遗传学技术因具有非侵入性、可逆性、时空特异性等优点被广泛应用于生物医学研究领域,为疾病治疗提供了新思路和新理念。光作为一种理想的基因表达诱导物,以前所未有的时空精度操控基因表达和细胞行为。随着光遗传学技术的深入研究,基于光遗传学的个性化精准治疗和临床转化成为可能。本文主要介绍了响应不同波长的光遗传学工具及其用于神经系统疾病、肿瘤、心血管疾病、糖尿病、肠道疾病等精准治疗和用于控制基因转录表达、基因编辑、基因重组以及细胞器运动等应用。同时也介绍了光遗传学技术与智能电子设备的有机结合及其在便携式生物电子药物、人工智能诊疗方面的最新研究进展。光遗传学的迅速发展极大地拓展了传统生物电子医学领域。光控系统的远程可控性、可逆性和无毒性为光遗传学在生物医学中的应用提供了坚实的基础。这些方法的成功将对未来实践中的精准医疗产生持久的影响。最后探讨了光遗传学工具存在的问题和在未来临床应用面临的挑战,并对其未来发展前景进行了展望。

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    4. 光酶催化合成进展
    明阳, 陈彬, 黄小强
    合成生物学    2023, 4 (4): 651-675.   DOI: 10.12211/2096-8280.2022-056
    摘要5912)   HTML492)    PDF(pc) (5786KB)(6168)    收藏

    酶催化具有绿色温和、高效高选择性的优势,在工业生产和技术研发等领域发挥着重要作用。然而,酶能催化的反应类型相对有限,难以满足未来绿色生物合成的需要。光催化已成为在温和反应条件下生成活性反应中间体的有效策略,但是光化学反应的选择性调控一直是个挑战性难题。结合光催化与酶催化的光酶催化合成,能够突破天然酶催化功能的局限,并为光化学领域的选择性调控难题提供新的解决方案,成为合成科学领域的研究热点之一。本文综述了光酶催化合成的最新研究进展,根据光酶的结合模式分成四部分讨论:光氧化还原实现辅因子再生、光催化剂-酶的协同或串联反应、光激发已知酶实现新转化、人工光酶。本文归纳了近年来光酶催化合成的代表性工作,重点分析光酶催化反应的化学机制和实现新生物转化的策略。与此同时,通过分析该领域当下面临的瓶颈,本文展望了光酶催化未来的发展方向,希望能够为光酶催化新转化的开发和更多高附加值化学品的绿色不对称合成提供参考。

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    5. 基于人工智能和计算生物学的合成生物学元件设计
    王晟, 王泽琛, 陈威华, 陈珂, 彭向达, 欧发芬, 郑良振, 孙瑨原, 沈涛, 赵国屏
    合成生物学    2023, 4 (3): 422-443.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-004
    摘要4940)   HTML548)    PDF(pc) (1930KB)(6017)    收藏

    合成生物学是按照一定的规律综合已有的信息设计和构建全新的生物元件、装置和系统,或者重新设计已有的天然生物系统。合成生物学的核心在于设计、改造、重建或制造生物元件、生物反应系统、代谢途径与过程,乃至创造具有生命活动能力的细胞和生物个体,为解决人类发展在环境、资源、能源等方面面临的若干重大挑战提供新技术方案。毫无疑问,从DNA重组到基因电路设计,合成生物学的发展为众多领域带来全新的解决方案,优良的催化与调控元件是设计高效、鲁棒的系统的基础。然而,合成生物学的元件通常是天然的生物大分子,其固有的复杂性限制了对其工程化改造,导致合成生物技术的潜力未能得到充分发掘。随着人工智能(artificial intelligence,AI)与计算生物学的兴起和发展,有望助力该技术更好地发挥其价值。本文主要介绍了基于AI与计算生物学的不同类型的元件设计,聚焦催化元件、调控元件、传感元件三类元件的设计和前沿进展以及生物元件改造在合成生物学研究领域中的应用方面的研究进展。

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    6. 人工智能时代下的酶工程
    康里奇, 谈攀, 洪亮
    合成生物学    2023, 4 (3): 524-534.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-009
    摘要6412)   HTML582)    PDF(pc) (1310KB)(5550)    收藏

    自然界中存在的酶拥有多种多样的功能,它们已经被应用在工业生产和学术研究中,但其中许多酶的性质和功能还不能完全满足应用需要,通过改造来提升这类酶的某些特性是酶工程的重要任务。本文介绍了酶工程的主要发展历程,并重点梳理了人工智能(AI)助力酶工程领域的研究进展。酶工程主要包括理性设计、定向进化、半理性设计和人工智能辅助设计等策略。理性设计方法根据酶的催化机理、结构等先验知识进行改造。定向进化技术通过构建随机突变文库和高通量筛选提升目标酶的稳定性和活性等性质。半理性设计方法借助一系列计算方法构建相比于定向进化更小也更合理的突变文库以降低筛选工作量。人工智能技术在大量数据驱动下可以学习有关蛋白质构成和进化的特征信息。通过直接学习自然界中存在的蛋白质序列、共进化信息和结构,深度神经网络已经可以解决许多类型的酶工程问题,如预测具有有益影响的突变、优化蛋白质的稳定性、提高催化活性等。通过对酶工程现状进行分析,本文旨在进一步推动酶的开发和优化以实现更广泛的应用,为研究者和相关从业人员提供更多有价值的见解。

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    7. 蛋白质复合物结构预测:方法与进展
    黄鹤, 吴桐, 王闻达, 李佳珊, 孙黛雯, 叶启威, 龚新奇
    合成生物学    2023, 4 (3): 507-523.   DOI: 10.12211/2096-8280.2022-079
    摘要3016)   HTML168)    PDF(pc) (1732KB)(5012)    收藏

    蛋白质复合物是不同蛋白质链通过相互作用形成的,自然界中很多蛋白质通过形成复合物而执行功能,因此准确地预测复合物的结构对于理解和掌握功能至关重要。近两年来,单条蛋白质链的结构预测有了突破性的进展,从氨基酸序列出发预测蛋白质结构的水平大幅提高。但相较于单体蛋白质,蛋白质复合物结构预测的准确性仍然较低。本文旨在总结蛋白质复合物结构预测的相关算法以及介绍最新进展。首先简要介绍蛋白质结构预测领域的相关人工智能算法,主要包括共进化分析与蛋白质接触预测、深度学习方法与蛋白质结构预测、预训练模型与蛋白质表征学习几个方面;其次系统总结了蛋白质复合物链间相互作用预测的基本方法,从复合物的多重序列比对构建到对于同源或异源复合物的链间残基接触预测;最后从相互作用位点指导复合物结构预测、蛋白质分子对接算法、端到端的复合物结构预测方法等方面阐述了蛋白质复合物结构预测的基本方法和思路。总体来说,目前蛋白质复合物结构预测精度不够高,有效地解决多重序列比对的配对和多聚体复合物模板搜索等问题,或者在大量的序列或结构数据上结合预训练模型的新范式,是一个合理而有效的方案。提升蛋白质复合物结构预测水平在合成生物学领域如抗体设计、药物发现等方面有很好的应用前景。

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    8. 微生物组生物合成基因簇发掘方法及应用前景
    赖奇龙, 姚帅, 查毓国, 白虹, 宁康
    合成生物学    2023, 4 (3): 611-627.   DOI: 10.12211/2096-8280.2022-075
    摘要5262)   HTML455)    PDF(pc) (3056KB)(4859)    收藏

    生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster, BGC)是一类非常重要的基因集合(gene set)类型。BGC普遍存在于各类生物基因组中,并且发挥着重要的代谢和调控作用。从线性结构上来说,一个BGC中的基因通常在基因组中处于相邻的位置;从基因功能上来说,一个BGC中的基因通常共同负责一类通路,生成特定的化合物小分子。因此,BGC作为极具潜力的元件来源,在合成生物学研究中极为重要。然而从序列模式上来说,一个BGC中的基因数量众多且序列差异度大,很难通过序列同源性发掘新类型的BGC。因此,建立生物合成基因簇的智能发掘策略,系统性地发掘BGC并进行验证和转化研究,不论在理论方面还是实际应用方面,都具有非常重要的价值。本文主要基于微生物组大数据,较全面地介绍了BGC挖掘的意义和瓶颈问题,系统性地总结了当前BGC发掘中的数据资源和挖掘方法,尤其是人工智能方法,指出了干湿结合方法对于验证新发掘BGC的重要价值,同时展示了新发掘BGC的多样性和广泛应用领域。最后,展望了结合现有BGC挖掘方法和合成生物学转化,将如何在广度和宽度方面扩展目前的合成生物学研究。

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    9. 近十年天然产物药物的生物合成研究进展
    冯金, 潘海学, 唐功利
    合成生物学    2024, 5 (3): 408-446.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-092
    摘要6859)   HTML610)    PDF(pc) (9525KB)(4828)    收藏

    天然产物一直是潜在的先导药物的重要来源,天然产物及其结构类似物在历史上对疾病治疗做出了重大贡献,特别是对癌症和传染病的治疗。在过去两百年的时间里,天然产物的发现和研究经历了巨大的变化,由传统的分离鉴定为主的经典研究方法转为了基因组时代的多学科组合研究。虽然近二十年发现和挖掘了丰富的活性天然产物,但与自然界中巨大的天然产物合成潜力相比仍有不足,庞大的陆地和海洋天然产物资源尚待开发。同时,与传统的化学合成分子相比,天然产物具有丰富的骨架多样性和结构复杂性,在新药发现中展现了巨大的优势。虽然在天然产物的新药创新方面仍面临着种种挑战,但新的分析技术和挖掘策略的出现有望迎来天然产物发现的新阶段。本文总结了近十年(2014年1月—2023年10月)美国食品药品监督管理局批准成药的天然产物及源自天然产物的半合成药物,并对其中纯天然产物来源分子、重要的半合成天然产物前体的生物合成研究进展进行了详细总结。此外还简要总结了一些FDA批准的老药在过去十年中取得的重要生物合成研究进展。期望通过对成药天然产物生物合成途径及机制的深入理解,为更多天然产物创新药物的发现和研究提供借鉴。

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    10. 深度学习在蛋白质功能预测中的应用
    宋益东, 袁乾沐, 杨跃东
    合成生物学    2023, 4 (3): 488-506.   DOI: 10.12211/2096-8280.2022-078
    摘要2876)   HTML209)    PDF(pc) (1457KB)(4821)    收藏

    蛋白质功能预测是生物信息学中的一项重要任务,在疾病机制的阐明和药物靶点发现等领域有着重要作用。因为传统的测定蛋白质功能的生化实验通常成本高、耗时长、通量低,所以开发出高效且准确的蛋白质功能预测计算方法十分重要。蛋白质功能预测可以分为残基水平的结合位点预测和蛋白水平的基因本体论(gene ontology, GO)预测。本文首先介绍该领域常用的数据库及蛋白质特征信息,接着对当下最新的蛋白质功能预测方法进行总结。在结合位点预测方面,根据配体类型分别介绍了最新的蛋白质-蛋白质、蛋白质-多肽、蛋白质-核酸和蛋白质-小分子或离子配体的结合位点预测方法;在GO预测方面,按照预测方法的类别分别介绍了最近的基于序列、基于结构和基于蛋白相互作用网络的方法。最后,对目前的蛋白质功能预测方法进行总结、分析优劣,并展望该领域未来的发展方向。

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    11. 微生物发酵法合成虾青素的研究进展
    周强, 周大伟, 孙敬翔, 王靖楠, 姜万奎, 章文明, 蒋羽佳, 信丰学, 姜岷
    合成生物学    2024, 5 (1): 126-143.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-065
    摘要3520)   HTML329)    PDF(pc) (2271KB)(4589)    收藏

    虾青素是一种高附加值的抗氧化萜类物质,具有很强的抗氧化活性,同时还具有抗癌、预防炎症、护眼等诸多功效。随着合成生物学技术的不断发展,利用微生物发酵法合成虾青素是实现虾青素工业化生产最有效的途径之一,也更能满足消费者对天然化合物的需求。目前,生产虾青素的微生物包括细菌、真菌、藻类等。本文系统介绍了虾青素的结构性质和生产方法,重点讲述了虾青素天然合成以及外源构建的合成路径,总结了不同微生物如雨生红球藻、酵母和大肠杆菌生产虾青素的最新进展,分析了利用基因工程和发酵过程调控手段提高虾青素产量的方法。未来,通过代谢工程等手段(如虾青素合成基因过表达、使用高强度启动子、代谢途径优化等)可提高虾青素产量,以进一步增加虾青素在食品、医疗、化妆品和饲料等产业的应用。

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    12. CRISPR/Cas系统的挖掘、改造与功能拓展
    柳柯, 林桂虹, 刘坤, 周伟, 王风清, 魏东芝
    合成生物学    2023, 4 (1): 47-66.   DOI: 10.12211/2096-8280.2021-022
    摘要3199)   HTML246)    PDF(pc) (2351KB)(4489)    收藏

    规律成簇间隔短回文重复序列及其相关蛋白(CRISPR/Cas)是一种微生物获得性免疫系统,自从证实其可用于基因编辑之后,迅速增强了我们编辑、操纵、注释、检测甚至成像生物体DNA和RNA的能力,为基础生命科学、医学和生物工程等领域的创新发展注入了强劲动力,快速推动了合成生物学等学科的兴盛发展。然而,CRISPR/Cas系统也有一些固有的问题,例如脱靶效应、原间隔序列邻近基序(PAM)对靶目标的约束性以及基因编辑活性的可控性等,严重制约了该系统在基因精准可控编辑等方面的长足发展,阻碍了其新功能和新应用的拓展。为了突破这些限制,“蛋白质工程修饰Cas蛋白”与“基于生物信息学的新型CRISPR/Cas系统的挖掘”就成为完善发展CRISPR/Cas系统以及扩充CRISPR工具箱的两种重要策略。本文主要针对当前应用最为广泛的Ⅱ类CRISPR/Cas系统,重点介绍了CRISPR/Cas9、CRISPR/Cas12a和CRISPR/Cas13a这三种代表性系统的基本结构和作用机制,及其在结构改造和功能拓展等方面的新进展,同时也对一些新近发掘的具有重要特色和潜在应用价值的CRISPR/Cas系统进行了综述,例如CRISPR/CasФ 和 CRISPR/Cas12k。这些改造和发掘工作显著改善了CRISPR/Cas系统的固有问题,有力地拓展了其功能和适用性,势必会进一步快速推动CRISPR/Cas系统在诸多领域的创新发展。

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    13. 几丁质资源生物降解和高值转化的研究进展
    张阿磊, 魏国光, 张弛, 陈磊, 周奚, 刘伟, 陈可泉
    合成生物学    2024, 5 (6): 1279-1299.   DOI: 10.12211/2096-8280.2024-041
    摘要1879)   HTML111)    PDF(pc) (2798KB)(4470)    收藏

    几丁质是由N-乙酰氨基葡萄糖(GlcNAc)通过β-1,4-糖苷键构成的高分子聚合物,是地球上储量最丰富的含氮生物质资源,在自然界分布广泛,主要存在于虾蟹外壳、昆虫外骨骼和真菌细胞壁中。由于几丁质含量巨大、可再生,特别是含有珍贵的氮元素,其资源化利用一直受到广泛关注。然而几丁质结构中丰富的氢键作用力与巨大的分子量,赋予了其高结晶度和不溶于水的特性,导致其降解和高值化利用受到挑战,因此常被作为垃圾丢弃或掩埋,污染环境的同时浪费资源。在几丁质降解利用的众多方法中,生物法因过程环保、反应条件温和等优点,在绿色可持续发展的大背景下展现出巨大潜力。本文首先系统介绍了自然界中催化几丁质降解关键酶的来源与分类、催化机制及特性。其次综述了生物法降解几丁质为单糖(GlcNAc和氨基葡萄糖)和寡糖(几丁寡糖和壳寡糖),以及进一步生物转化合成含氮化合物的现状。最后阐述了几丁质生物降解和高值转化过程中所面临的几丁质降解与转化酶活性低、效率差及成本高昂等诸多挑战,展望了发展迅速的合成生物学在几丁质生物转化中的重要作用,这将为几丁质资源的高效生物炼制提供助力。

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    14. 碱基编辑技术及其在微生物合成生物学中的应用
    王雁南, 孙宇辉
    合成生物学    2023, 4 (4): 720-737.   DOI: 10.12211/2096-8280.2022-053
    摘要1663)   HTML124)    PDF(pc) (1250KB)(4320)    收藏

    CRISPR/Cas系统的发现与发展对生命科学领域产生了革命性的影响,借助CRISPR/Cas系统研发出的一系列工具为相关领域的研究带来了极大的便利。碱基编辑器便是其中一类基于CRISPR/Cas系统开发的可实现碱基转换和颠换的基因编辑工具,其通过将胞苷或腺苷脱氨酶以及其他功能元件与失去双链切割活性的Cas蛋白相融合,由sgRNA引导,实现对基因组上目标位置胞嘧啶或腺嘌呤的碱基转换。碱基编辑器一经开发便在生物学、医学等领域展现出巨大的应用潜力,虽然经过不断优化,但目前在使用时仍然存在着许多制约因素。本文简述了几种主要碱基编辑器的发展,并介绍了碱基编辑器存在的靶向范围受限和脱靶编辑的问题以及现有的优化措施。同时列举了我国部分科研工作者将碱基编辑技术运用于微生物合成生物学领域的进展,并展望了碱基编辑技术的发展及其在微生物合成生物学领域的应用前景。

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    15. 工程噬菌体的合成生物学“智造”
    陈青黎, 童贻刚
    合成生物学    2023, 4 (2): 283-300.   DOI: 10.12211/2096-8280.2022-070
    摘要2605)   HTML149)    PDF(pc) (1602KB)(4261)    收藏
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    16. 生物燃料高效生产微生物细胞工厂构建研究进展
    晏雄鹰, 王振, 娄吉芸, 张皓瑜, 黄星宇, 王霞, 杨世辉
    合成生物学    2023, 4 (6): 1082-1121.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-047
    摘要2432)   HTML229)    PDF(pc) (3042KB)(4235)    收藏

    生物燃料替代化石燃料可解决当前全球正面临的能源危机和环境危机。通过筛选、改造微生物,利用可再生资源高效生产具有经济效益和社会效益的生物燃料已成为可持续生物制造的重大发展方向。基于系统生物学理解并设计细胞工厂生物燃料的合成途径与调控网络,利用合成生物学手段开发高产稳产微生物细胞工厂是实现生物燃料经济生产的重要手段。本文概述了当前生物燃料的主要种类及对应的代谢途径,并总结了当前主要生物燃料的生产情况。重点介绍从微生物物质代谢、能量代谢、生理代谢和信息代谢四个方面去认识、改造、开发微生物底盘细胞使其成为高产稳产的生物能源细胞工厂。此外,本文也对当前生物能源的生产瓶颈和挑战进行了总结,并从酶元件库的挖掘、合成途径的创建与优化、底盘细胞的理解和性能改善、发酵工艺的智能控制等方面提出了未来的发展方向和目标任务,强调了在未来的研究中,信息技术(IT)和生物技术(BT)交叉融合是能源细胞工厂构建的发展趋势,可为高效生物燃料细胞工厂的构建提供工具和资源,加速生物能源的产业化进程。

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    17. 进化与大数据导向生物信息学在天然产物研究中的发展及应用
    张凡忠, 相长君, 张骊駻
    合成生物学    2023, 4 (4): 629-650.   DOI: 10.12211/2096-8280.2022-073
    摘要2003)   HTML217)    PDF(pc) (3724KB)(4160)    收藏

    自然界亿万年的进化孕育出了丰富的天然产物资源,进而为药物研发提供了巨大的分子宝库。进化导向生物信息学方法在微生物天然产物研究中发挥着越来越重要的作用。微生物基因组数据的快速增长为生物合成基因簇的大数据分析以及进化分析提供了新机遇,不仅让我们对天然产物全景图有了更清晰的认识,还能够揭示天然产物的进化规律,利用进化分析方法和大数据资源挖掘新型的药物先导天然产物,理解生物合成酶,甚至设计改造生物合成体系创造非天然分子。本文综述了近年来进化和大数据导向生物信息学应用于天然产物研究中的相关进展,强调了进化与大数据在生物合成酶的功能预测、进化机理、基因挖掘以及生物合成改造方面的应用,最后分析了目前面临的问题并对未来发展趋势进行了展望。

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    18. “可折叠性”在酶智能设计改造中的应用研究——以AlphaFold2为例
    孟巧珍, 郭菲
    合成生物学    2023, 4 (3): 571-589.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-011
    摘要1805)   HTML131)    PDF(pc) (1986KB)(3985)    收藏

    天然酶具有绿色环保、高效催化的优点,但由于工业环境的酸碱性、温度等条件不够适宜,天然酶在实际工业生产中往往存在错误折叠、功能受限等问题。使用人工智能技术辅助酶的改造设计,相比传统方法具有高效、快速、低成本的优势,但在这个过程中大部分工作没有考虑设计改造酶的“可折叠性”问题。同时,最近几年来,以AlphaFold2为代表的蛋白质结构预测工具借助人工智能技术取得了突破性的进展,已经具有原子级别的结构预测精度。这一工具的日益成熟,不仅有助于对蛋白结构功能机制的了解,同时可以丰富现有酶结构数据,用于后续的研究。因此,基于现有酶改造以及从头设计新酶过程中出现的错误折叠导致成功率不高、实验验证成本高的问题,我们认为结合蛋白质结构预测工具辅助酶的改造设计任务,可以增加设计可靠酶的数量,同时降低实验成本。本文首先梳理回顾人工智能技术在酶设计改造中的应用,主要从序列和结构两个角度展开。然后将现有蛋白质结构预测工具归纳成四种类型分别介绍其设计原理和预测能力。接着以AlphaFold2为代表性工作,归纳了三种在现有技术基础上利用结构预测工具进一步提高酶改造的合理性以及酶设计的“可折叠性”的方式:①结构“分析器”;②突变“筛选器”;③折叠“监督器”。最后在讨论部分总结并提出了一些现有算法的不足和缺陷。随着人工智能技术的逐渐发展以及人类对蛋白质作用机理的研究,酶的改造设计精度一定会有所提高,这将助力合成生物学的快速发展。

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    19. 人工智能蛋白质结构设计算法研究进展
    陈志航, 季梦麟, 戚逸飞
    合成生物学    2023, 4 (3): 464-487.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-008
    摘要3318)   HTML304)    PDF(pc) (3481KB)(3957)    收藏

    蛋白质是各类生命活动不可缺少的承担者,其序列决定了折叠后的三维结构和功能。这些具有特定功能的蛋白质在生物医学等多个领域具有重要的应用价值。计算蛋白质设计可以根据所需的蛋白功能和结构设计氨基酸序列,生成自然界中不存在的蛋白质。传统计算蛋白质设计通常采用能量函数和特定的搜索优化算法获得设计的序列。近年来,随着先进算法的发展、大数据的积累和计算机硬件算力的增长,人工智能技术得到了蓬勃发展,并逐渐应用于蛋白质设计领域。本文综述了近年人工智能在蛋白质结构设计中的进展,侧重于各类算法的介绍,从固定骨架设计、可变骨架设计和序列结构生成三个方面回顾了最新的蛋白质结构设计算法,并阐明了其相对于传统计算方法的新颖性和创新性。在人工智能技术的赋能下,蛋白质设计的成功率和合理性获得大幅提高,按需功能蛋白设计的时代即将到来。

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    20. 功能肽合成和挖掘策略研究进展
    汤传根, 王璟, 张烁, 张昊宁, 康振
    合成生物学    2025, 6 (2): 461-478.   DOI: 10.12211/2096-8280.2024-067
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    功能肽是由2~50个氨基酸组成的短链肽,近年来因其特异性强、作用迅速及副作用低而成为开发新药和功能原料的重要研究热点。首先,本文梳理了功能肽的分类、作用机制及应用场景,总结了不同类型功能肽的特点和在生物医药、食品科学及化妆品等领域的应用。接着,针对功能肽的合成方法,探讨了化学合成与生物合成的最新进展,比较了这两种制备工艺的优缺点以及各自的适用场景。在功能肽挖掘策略方面,本文综述了噬菌体表面展示技术、机器学习算法、分子对接技术及人工智能技术等方面的最新研究,这些技术在功能肽的筛选和设计中展现出重要潜力,提升了研究的效率与准确性。展望未来,功能肽的研究将面临新的挑战与机遇。如何改进合成工艺以提高效率,如何通过结构修饰提高功能肽稳定性,以及如何利用计算机辅助优化和人工智能设计多功能肽,将成为重要的研究方向。同时,加强功能肽的安全性和有效性的评估能进一步提升功能肽的应用潜力。

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