大部分实验室自动化设备，如离心机、封撕膜机、振荡模块、PCR仪等，能够支持以命令行形式发送的指令代码，但该控制方式仅适用于简单操作命令，类似于“面向过程”的控制方式。工作站既能够支持单独作动部件的运动功能，也能够如3.1节所述，支持任务序列的连续执行。考虑到实验人员的理解习惯，系统外部接口设计采用类似于“面向对象”的控制方式，通过方法文件的传递（.med文件），向工作站一次性发送包含内在逻辑的任务序列，由工作站进行解码并完整执行，无需对每个参数变量进行单独设置。该方式更加符合真实实验中对克隆挑选环节的功能预期，最大程度降低了实验人员的编程难度，同时保持了使用交互界面操作和使用接口操作的一致性。当仅需要工作站完成简单动作时，方法文件中的任务序列仅包含一条命令即可。同样地，设备运行状态也无需通过反复查询的方式获取。软件系统将设备运行状态自动存放在数据管理库中，上位系统软件可根据需要随时进行提取。控制接口设计框架如图14所示。