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    1. 近十年天然产物药物的生物合成研究进展
    冯金, 潘海学, 唐功利
    合成生物学    2024, 5 (3): 408-446.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-092
    摘要6863)   HTML610)    PDF(pc) (9525KB)(4835)    收藏

    天然产物一直是潜在的先导药物的重要来源,天然产物及其结构类似物在历史上对疾病治疗做出了重大贡献,特别是对癌症和传染病的治疗。在过去两百年的时间里,天然产物的发现和研究经历了巨大的变化,由传统的分离鉴定为主的经典研究方法转为了基因组时代的多学科组合研究。虽然近二十年发现和挖掘了丰富的活性天然产物,但与自然界中巨大的天然产物合成潜力相比仍有不足,庞大的陆地和海洋天然产物资源尚待开发。同时,与传统的化学合成分子相比,天然产物具有丰富的骨架多样性和结构复杂性,在新药发现中展现了巨大的优势。虽然在天然产物的新药创新方面仍面临着种种挑战,但新的分析技术和挖掘策略的出现有望迎来天然产物发现的新阶段。本文总结了近十年(2014年1月—2023年10月)美国食品药品监督管理局批准成药的天然产物及源自天然产物的半合成药物,并对其中纯天然产物来源分子、重要的半合成天然产物前体的生物合成研究进展进行了详细总结。此外还简要总结了一些FDA批准的老药在过去十年中取得的重要生物合成研究进展。期望通过对成药天然产物生物合成途径及机制的深入理解,为更多天然产物创新药物的发现和研究提供借鉴。

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    2. 木质素的生物降解和生物利用
    刘宽庆, 张以恒
    合成生物学    2024, 5 (6): 1264-1278.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-062
    摘要4168)   HTML297)    PDF(pc) (2325KB)(3216)    收藏

    木质素是木质纤维素的主要成分之一,按干重计约占15%~30%,全球年产量约200亿吨。木质素是由苯丙烷单元通过多种不同的碳碳键和碳氧键构成的一类芳香族高聚化合物,是高等陆生植物次生细胞壁的主要成分,赋予了植物刚性并保护植物体免受微生物的入侵。由于木质素产量巨大、可再生,近些年全球对木质素利用的兴趣持续升高。但是木质素的成分复杂,无论是其降解还是后续的利用都充满了挑战,因此目前多用作燃料。在众多木质素降解利用的方法中,生物法反应条件温和、绿色环保,近些年在绿色可持续发展的大背景下受到广泛关注。本文介绍了自然界中催化木质素降解的关键酶:漆酶、锰过氧化物酶、木质素过氧化物酶、染料脱色过氧化物酶、多功能过氧化物酶等,同时简要介绍了其催化机制。并总结了生物利用木质素类芳香族化合物过程中涉及的四个主要反应:O-脱甲基、脱羧、羟基化和双加氧酶介导的开环反应,以及相关的酶和催化机制。最后,简要介绍了利用合成生物学手段构建细胞工厂实现木质素高值利用的案例。木质素的生物降解和利用是一个极具潜力的领域,同时也存在诸多的挑战,例如转化效率低、反应时间长等。但相信随着合成生物学的迅猛发展,利用高效基因编辑和代谢工程改造提高关键酶的反应速率和代谢通路的效率、提高底盘细胞对有毒芳香族化合物的抵抗能力、维持还原力的平衡等,将有效提高木质素生物降解利用的效率,其工业应用也许在不久的将来就会实现。

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    3. 紫杉醇生物合成机制研究进展
    刘晓楠, 李静, 祝晓熙, 徐子硕, 齐健, 江会锋
    合成生物学    2024, 5 (3): 527-547.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-085
    摘要3989)   HTML398)    PDF(pc) (2052KB)(2691)    收藏

    紫杉醇是目前已发现的最具抗癌活性的天然广谱抗癌药物之一,其生产方式主要依赖于从珍稀植物红豆杉中进行分离提取以及化学半合成,因其含量稀少,生产能力受到严重的限制。随着红豆杉基因组的全解析和合成生物学的迅速发展,通过合成生物技术,构建重组工程细胞合成紫杉醇及其关键前体成为解决当前供需不平衡和资源有限的有效方法。本文针对紫杉醇生物合成途径解析、红豆杉组学分析、底盘细胞构建、关键前体合成、紫杉醇合成途径关键酶的改造及催化机理解析等相关研究进展开展系统性的综述,尤其对近期发表的关于氧杂环丁烷环形成的相关突破性研究进行了详细介绍,并基于相关进展探讨当前紫杉醇合成生物学研究面临的关键酶催化效率低下、产物杂泛性严重、具体反应顺序未知等技术挑战及生物合成紫杉醇关键中间体的未来前景。助力加强对紫杉醇合成通路和催化过程的理解,进一步实现紫杉醇的绿色、高效生物合成。

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    4. 萜类化合物的非常规生物合成研究进展
    程晓雷, 刘天罡, 陶慧
    合成生物学    2024, 5 (5): 1050-1071.   DOI: 10.12211/2096-8280.2024-006
    摘要3617)   HTML230)    PDF(pc) (4063KB)(2046)    收藏

    萜类化合物是自然界中广泛存在的一类具有重要生理功能和显著生物活性的天然产物,在食品、医疗及日化行业有着广泛的应用。在萜类化合物的生物合成途径中,萜类合酶往往决定了萜类碳骨架的种类和结构新颖性,细胞色素P450酶等后修饰酶则可对碳骨架进行多种修饰,最终形成结构和功能都具有丰富多样性的萜类化合物。近年来,随着基因测序技术与合成生物学的发展,大量植物和微生物来源的萜类生物合成酶被表征,令人兴奋的是,其中包含一些与经典萜类合酶不同的非常规萜类合酶,它们亦可催化生成独特的环化萜类骨架。与此同时,利用组合生物合成等策略,人们创造了许多新颖的非天然萜类化合物,进一步丰富了萜类资源库。本文综述了近5年在非常规萜类环化酶与组合生物合成途径等方面取得的最新研究进展,以期为未来新型萜类化合物的发现和生物合成提供启示。本文首先综述了新发现的具有萜类环化功能的新酶,包含Ⅰ型萜类合酶新亚族、非角鲨烯来源三萜合酶、UbiA型萜类环化酶、细胞色素P450氧化酶、甲基转移酶、钒依赖卤素过氧化物酶、卤代酸脱卤酶等,同时还对其序列、功能和可能的环化机制进行了介绍,有助于理解自然界中萜类生物合成酶的进化起源和发现新颖萜类化合物。然后,本文介绍了非常规萜类衍生物的组合生物合成,通过将萜类合酶与甲基转移酶、天然或人工细胞色素P450氧化酶进行组合,产生了一系列包含非常规C11、C16骨架以及具有不同氧化形式的非天然萜类化合物,可为往后萜类化合物的结构创新研究带来启发。这些新颖酶元件的挖掘与新型组合生物合成途径的构建,将进一步拓宽萜类化合物的结构多样性和化学空间,有望为临床萜类药物研发提供更多的潜在小分子。

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    5. 微生物发酵法合成虾青素的研究进展
    周强, 周大伟, 孙敬翔, 王靖楠, 姜万奎, 章文明, 蒋羽佳, 信丰学, 姜岷
    合成生物学    2024, 5 (1): 126-143.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-065
    摘要3531)   HTML329)    PDF(pc) (2271KB)(4679)    收藏

    虾青素是一种高附加值的抗氧化萜类物质,具有很强的抗氧化活性,同时还具有抗癌、预防炎症、护眼等诸多功效。随着合成生物学技术的不断发展,利用微生物发酵法合成虾青素是实现虾青素工业化生产最有效的途径之一,也更能满足消费者对天然化合物的需求。目前,生产虾青素的微生物包括细菌、真菌、藻类等。本文系统介绍了虾青素的结构性质和生产方法,重点讲述了虾青素天然合成以及外源构建的合成路径,总结了不同微生物如雨生红球藻、酵母和大肠杆菌生产虾青素的最新进展,分析了利用基因工程和发酵过程调控手段提高虾青素产量的方法。未来,通过代谢工程等手段(如虾青素合成基因过表达、使用高强度启动子、代谢途径优化等)可提高虾青素产量,以进一步增加虾青素在食品、医疗、化妆品和饲料等产业的应用。

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    6. 合成生物学助力萜类香精香料可持续生产
    张梦瑶, 蔡鹏, 周雍进
    合成生物学    2025, 6 (2): 334-356.   DOI: 10.12211/2096-8280.2024-057
    摘要2980)   HTML204)    PDF(pc) (3063KB)(2086)    收藏

    香精香料是个人护理产品中的重要成分,其中,萜类化合物及其衍生物在天然香料市场中有着重要的地位。近年来,合成生物学的蓬勃发展为解决萜类香料产能瓶颈及开发更多元化的新型香料化合物带来了新机遇。本文探讨了合成生物学在萜类香料可持续生产中的应用和发展,介绍了数据驱动的合成生物学和生物技术创新如何赋能萜类香料生产,讨论比较了萜类合成的经典合成途径和替代合成途径,并探讨了萜类合酶挖掘与改造进展。在此基础上,着重介绍了单萜类、倍半萜类和降异戊二烯类香料的细胞工厂合成现状,包括元件改造、途径优化和萜类解毒等关键技术策略。最后,对当前专利布局和产业化竞争格局进行了总结分析,并对未来发展的挑战和机遇进行了展望,包括生物合成技术的挑战、新产物的发掘与设计,以及市场监管与安全性问题。

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    7. 天然产物的化学-酶法合成:方法与策略的演进
    张守祺, 王涛, 孔尧, 邹家胜, 刘元宁, 徐正仁
    合成生物学    2024, 5 (5): 913-940.   DOI: 10.12211/2096-8280.2024-028
    摘要2727)   HTML156)    PDF(pc) (5090KB)(2621)    收藏

    天然产物是小分子药物和探针的重要来源,其合成研究一直以来是有机合成中一个备受关注而又极具挑战性的领域。随着色谱分离技术和结构分析技术的不断发展,微量活性天然产物的发现速度不断加快,其结构的多样性和复杂性也不断增加,而对其构效关系、靶标鉴定、体内活性等方面的研究则需要供应足够量的天然产物,因而对天然产物的合成在效率、经济性和规模等方面都提出了更高的要求。化学-酶法的方式为天然产物的合成研究提供了多维的视角,一方面提供了高效高选择性的酶催化合成方法,另一方面,酶催化反应的引入可以给原先合成策略的设计模式带来突破,并快速、高效地实现天然产物的多样化合成,从而成为近期研究的热点。其中酶催化反应如何有机地整合到天然产物的合成中便成为目前化学-酶法合成成功的关键,本文从当前天然产物化学-酶法的合成实践中总结了酶催化反应所发挥的三方面作用:①对合成起点的改变,即酶催化反应可以在合成原料中引入关键的手性中心或官能团,以体外酶促或体内发酵的方式提供复杂的合成前体,如多取代芳(杂)环、手性池等;②合成后期通过酶催化方式对多官能团底物或复杂骨架的惰性位置进行化学、区域和立体选择性的官能团化;③酶催化反应作为关键步骤在母核骨架构建中关键碳碳键形成方面的策略性应用。最后,本文从合成策略的设计、合成方法的开发以及研究人员思维等三个方面讨论了化学-酶法策略在当下所面临的挑战和未来的发展趋势。在此背景下,化学合成与生物催化等多学科手段的深度交叉融合将为天然产物的合成科学带来新的活力。

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    8. 基因组挖掘指导天然药物分子的发现
    奚萌宇, 胡逸灵, 顾玉诚, 戈惠明
    合成生物学    2024, 5 (3): 447-473.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-086
    摘要2720)   HTML264)    PDF(pc) (5166KB)(1959)    收藏

    天然产物是临床药物的主要来源,也是新药研发过程中先导化合物结构设计和优化的灵感源泉。但传统策略天然药源分子的发现却遭遇了瓶颈,新颖天然产物的数量逐渐无法满足现代药物开发的需求和应对全球多药耐药的威胁。随着测序技术的快速迭代,生物学的研究进入了基因组时代,基因组挖掘指导天然产物定向发现的策略得以确立,成功摆脱了传统天然产物发现策略对于生物样本生物量的依赖,极大提高了活性天然产物发现的特异性和成功率。本文简述了基因组挖掘以及相关数据库和生物信息学工具的发展,详细介绍了包括基于核心基因或后修饰基因的经典挖掘手段,自抗性机制、进化理论指导的基因组挖掘和人工智能在活性天然产物发现中的具体应用,并对基因组挖掘在药物发现和多学科交叉领域的影响和发展进行了展望。基因组信息中蕴藏着无可估量的化学潜能,促进基因组挖掘与其他学科间的交叉融合,提升对遗传信息的处理和分析能力,增强下游基因簇表达通量和产物结构预测能力,可实现天然小分子高通量、高新颖性和高效率的发现,为开发具有自主知识产权的新药物、新化学品和新型酶催化剂服务。

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    9. 合成生物学助力化妆品走进生物制造新时代
    张璐鸥, 徐丽, 胡晓旭, 杨滢
    合成生物学    2025, 6 (2): 479-491.   DOI: 10.12211/2096-8280.2024-056
    摘要2554)   HTML196)    PDF(pc) (1267KB)(2557)    收藏

    基因工程、生物计算、发酵工程等生物科技在过去20年中实现了前所未有的技术突破,推动诸多行业进入合成生物驱动的新纪元,而化妆品行业便是其中之一。根据历史规律,护肤方式的变革都源自“原材料”的迭代:远古人类已经会用植物制造最原始的护肤品,当农业社会发展到能对植物成分进行复配的时候,就产生了护肤驻颜的复方。工业革命之后,化工产业的发展催生了多种新型原材料,进而推动了化妆品的大规模工业化生产。而20世纪末,随着欧美制药的大发展,很多药用分子成为了护肤的原材料,催生了“药妆品”行业的发展,满足了人们对抗衰、美白等更多护肤功效的需求。如今,不断升级的护肤抗衰需求,需要更高效、更安全、更环保的新型“原材料”。生物科技使我们能够合成比传统化工材料更安全、更具成本效益的材料,人工合成透明质酸、角鲨烷、神经酰胺、天然植物活性成分等均是护肤领域的明星功效成分。近年来,合成生物学实现了飞速发展,人工智能蛋白质设计等新技术使更加复杂的生物材料实现了工业化量产。以重组人源化胶原蛋白为例,这一解决了医学领域重要问题的生物制剂,已经被用作护肤品原料。由此可见,合成生物学的技术外溢,正在缩小医学级治疗和消费级抗衰之间的差距,为护肤行业带来快速的升级。基于合成生物技术生产的护肤产品正在逐步摆脱传统化工产业,向生物科技进发,从“化妆品”逐渐向“生妆品”进化。“生妆品”的出现,标志着合成生物技术为护肤行业插上了翅膀,从此开启功效更强、更安全、更环保的护肤品行业新篇章。

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    10. 合成基因线路的工程化设计研究进展与展望
    高歌, 边旗, 王宝俊
    合成生物学    2025, 6 (1): 45-64.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-096
    摘要2501)   HTML238)    PDF(pc) (3184KB)(2472)    收藏

    合成基因线路利用合成生物学的技术和方法,将生物元件进行重新设计与构建,使人工设计的生物分子线路在活细胞中行使特定生物功能,在生物制造、医疗健康以及环境监测等领域具有巨大的潜力。但其工程化设计仍受到各种因素的制约,包括正交元器件数量有限、大规模线路组装困难、线路行为预测性低等。根据研究者们开发的各种调控元件工具箱和组装方法,本文逐点阐述了工程化设计基因线路所需遵循的几个核心原则:正交化、标准化、模块化与自动化。文章从DNA复制、转录和翻译层面介绍了正交基因元件库的构建和改造方法;全面总结了基因元件的标准化定量表征方法与标准元件设计方法;并介绍了本团队与其他团队在模块化基因线路设计方面的相关进展;分别从软件、硬件和人工智能角度展示如何实现基因线路的自动化设计。最后,本文探讨了基因线路设计的未来发展趋势,指出需要进一步融合人工智能和自动化等信息技术来加速基因线路“设计-构建-测试-学习”循环的迭代,提高线路设计的功能可预测性和复杂性,高效设计出符合目标需求的人造生命体。

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    11. 基于细菌双组分系统的生物传感器的研究进展
    赵静宇, 张健, 祁庆生, 王倩
    合成生物学    2024, 5 (1): 38-52.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-016
    摘要2468)   HTML183)    PDF(pc) (2074KB)(3080)    收藏

    细菌双组分系统能够感知和响应细胞内外的物理、化学和生物刺激,通过耦合传感和调节机制从而引起一系列的细胞反应,是一个普遍存在的信号转导通路家族。当前越来越多的合成生物学家已开始利用双组分系统的特异属性来工程化设计微生物传感系统,并应用于光遗传学、材料科学、肠道微生物组工程、生物炼制和土壤改良等领域。本综述重点介绍了开发基于双组分系统的生物传感器的最新研究进展以及在各个领域中的潜在应用。同时探讨了如何运用新的工程方法提高双组分系统传感器性能的可靠性,包括遗传重构、DNA结合结构域交换、检测阈值调节和磷酸化串扰隔离,以及如何根据特定应用的要求定制双组分系统信号特性。在未来,研究者可以将这些方法与大规模的基因合成、高通量筛选相结合,以加速和帮助发现更多未确定特征输入的双组分系统,并开发新的对广泛的刺激做出反应的基因编码生物传感器,拓展双组分生物传感器在不同领域的应用。

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    12. 基因组深度挖掘驱动微生物萜类化合物高效发现
    雷茹, 陶慧, 刘天罡
    合成生物学    2024, 5 (3): 507-526.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-098
    摘要2378)   HTML181)    PDF(pc) (3116KB)(1752)    收藏

    萜类天然产物广泛分布于动物(包括海洋无脊椎动物)、植物、微生物中,具有复杂的化学结构和丰富的生物活性。人们通过从植物和微生物中直接分离提取的方式获得了大量萜类天然产物,然而随着越来越多化合物被发现,使用基于自然筛选的传统挖掘方式很难获得新的萜类天然产物。随着基因组测序技术和合成生物学使能技术的不断发展,我们进入了基因组挖掘驱动天然产物发现的时代,萜类天然产物的挖掘也进入了“井喷式”发现新阶段。针对基因组挖掘在微生物萜类天然产物发现方面的应用,本文综述了近年来使用的主要研究策略和最新研究进展,介绍了多种高效微生物底盘、基因组深度挖掘策略、人工智能与自动化平台等驱动的萜类化合物挖掘的最新研究进展,讨论了基因组挖掘萜类天然产物面临的挑战,展望了未来萜类化合物创新发现的发展趋势。通过在多种微生物中强化前体供应途径,人们打造了多个萜类化合物合成底盘,突破了异源合成萜类天然产物时“产量低”和“产物难获取”的瓶颈;针对萜类天然产物生物合成基因簇或萜类合酶进行深度挖掘,可以有效地解决“重复发现”和“集中度低”的难题;随着人工智能和自动化技术在合成生物学领域的发展和应用,萜类化合物的发现也进入了高通量智能发现时期,显著地改善了“研究通量低”的现状,高效获得了大量新结构萜类天然产物。在未来,更多萜类化合物将开发成药物、进入工业化生产应用,更多萜类“暗物质”会走进我们视野。

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    13. 重要甾体化合物的化学酶法合成研究进展
    郑梦梦, 刘犇犇, 林芝, 瞿旭东
    合成生物学    2024, 5 (5): 941-959.   DOI: 10.12211/2096-8280.2024-002
    摘要2322)   HTML166)    PDF(pc) (3921KB)(1670)    收藏

    甾体化合物因其多功能生物活性和理化特性备受生物医药行业的高度重视,被誉为自然界的“生命之钥”。随着植物甾醇代谢途径的不断解析,国内逐渐形成了“植物甾醇原料-甾体药物中间体-甾体药物”的工业合成路线。日益发展的甾药行业需要不断开发新的合成技术推进甾体药物自上而下高效合成。基于生物信息学、合成生物学、代谢工程以及酶工程的快速发展,甾体化合物的合成技术也取得了重大突破。本文对重要甾体化合物的最新合成进展,包括甾体药物中间体的多样化合成、复杂甾体的化学酶法合成和酵母从头合成植物甾醇原料等方面进行了综述,特别强调了近年来P450羟化酶、3-甾酮-Δ1-脱氢酶、还原酶以及酶级联参与的化学酶法在高效简易合成复杂甾体药物中的代表性工作;在此基础上,也从新一代甾药中间体的开发、新型甾体生物催化剂的挖掘、以分枝杆菌为底盘的甾体合成途径的构建等方面对甾体化合物未来的研究机会和挑战进行了展望。

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    14. 中国哲学思想“道法术器”对生物制造的启示
    张以恒
    合成生物学    2024, 5 (6): 1231-1241.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-066
    摘要2304)   HTML275)    PDF(pc) (1617KB)(2441)    收藏

    生物制造是利用生物体(如植物、动物、微生物、酶、体外多酶分子机器等)的机能进行物质加工与合成的绿色生产方式,将在能源、农业、化工和医药等领域改变世界工业制造格局,是科技战必争之地。作者应用中国古代哲学的“道、法、术、器”思想“道以明向,法以立本,术以立策,器以成事”,对工业生物制造的道与法进行解释与剖析,阐明顶层设计对生物制造的哲学指导意义。以美国合成生物学先驱公司Amyris为例,作者分析与讨论该公司产品选择以及隐含“道与法”,尽管该公司具有优秀“术与器”,但是走错道与不懂法决定该公司的失败命运。同时,作者简单地讨论两个人工淀粉合成技术的经济可能性与未来技术研发方向。总之,中国古代哲学思想“大道至简,从上而下,以道御术”,将对工业生物制造的未来发展提供顶层设计方法学上的启发与指导,将更有效地应对粮食安全、双碳目标与可持续发展等重大挑战。

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    15. CRISPR-Cas系统在病原核酸检测中的研究进展
    杜瑶, 高宏丹, 刘家坤, 刘孝荣, 邢志浩, 张涛, 马东礼
    合成生物学    2024, 5 (1): 202-216.   DOI: 10.12211/2096-8280.2022-068
    摘要2285)   HTML131)    PDF(pc) (2086KB)(3147)    收藏

    CRISPR-Cas系统作为原核生物获得性免疫系统,由簇状规则间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)和CRISPR相关蛋白(CRISPR-associated proteins, Cas)构成,因其识别和切割特定DNA或RNA序列,而成为分子诊断领域研究的热点。研究人员利用Cas蛋白(Cas12、Cas13、Cas14、Cas3等)结合信号放大和转化技术(荧光法、电位法、比色法、侧向流动技术等),开发了许多高灵敏度、高特异性、低成本的诊断平台,为病原核酸检测提供了新途径。本文介绍了CRISPR-Cas系统的生物学机制及分类,总结现有的基于Cas蛋白反式切割活性开发的病原核酸检测技术,描述其特点、功能和应用场景,并对该系统的未来应用前景进行展望,期望CRISPR-Cas系统成为包括核酸检测在内的多靶标的理想检测平台。

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    16. 细菌聚酮合酶间的杂合方式及聚酮化合物生物合成逻辑
    张瑞, 金文铮, 陈依军
    合成生物学    2024, 5 (3): 548-560.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-090
    摘要2257)   HTML114)    PDF(pc) (2302KB)(1048)    收藏

    聚酮化合物(polyketide)是一类来源广泛、结构多样的活性天然产物,聚酮合酶(polyketide synthase, PKS)负责聚酮骨架的生物合成。细菌次级代谢中PKS广泛存在,不同类型的PKS在组成和生物合成机制上各不相同,从而产生截然不同的聚酮骨架。根据细菌PKS功能和生物合成途径的不同,可以将其分为Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型。PKS通常能与其他生物合成酶系杂合以产生结构更为复杂的天然产物。同时,不同类型PKS之间也可以形成多种内部杂合,产生更多样的聚酮骨架。本文总结和比较PKS间的内部杂合,包括Ⅰ型PKS内部杂合、Ⅰ型/Ⅱ型PKS杂合以及Ⅰ型/Ⅲ型PKS杂合,归纳各种杂合基因簇的形成方式及其杂合特征。通过比较杂合聚酮化合物的生物合成机制并讨论杂合聚酮工程化改造的进展,展望了多种潜在的聚酮杂合模式,合理假设存在合成过程相反的Ⅰ型/Ⅱ型PKS杂合模式,或随着化合物的挖掘发现迄今未报道的Ⅱ型/Ⅲ型PKS杂合模式等,指出可以充分和全面地利用细菌基因组信息,通过酶和基因的生物勘探,发现更多更特殊的PKS杂合化合物等一系列针对新颖聚酮化合物进行基因组挖掘的方向,同时也提出了工程化改造trans-AT PKS在cis-AT模块中实现不同寻常的骨架修饰等多种PKS的工程化改造设想,为后续PKS内部杂合基因簇挖掘和表征提供一些新思路。

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    17. 液体生物燃料合成与炼制的研究进展
    郭姝媛, 张倩楠, 姑丽克孜·买买提热夏提, 杨一群, 于涛
    合成生物学    2025, 6 (1): 18-44.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-040
    摘要2036)   HTML142)    PDF(pc) (1947KB)(1181)    收藏

    人类社会发展对化石燃料的依赖导致了资源枯竭的加剧及显著的气候变化,迫切需要开发能够代替化石燃料的新型生物燃料。虽然已有生物乙醇和生物柴油等生物能源,但其生产规模和成本仍然是大规模应用的主要问题。近年来,随着可再生能源技术的发展,结合代谢工程及新兴的合成生物学,开发基于CO2合成的新兴生物燃料,逐渐成为未来绿色能源的重要研究方向。本文综述了生物燃料的种类及四代生物燃料的发展情况,并着重介绍了第三代和第四代生物燃料丰富的底物原材料、多能源偶联合成生物燃料的研究现状、合成生物学在其中的应用及现阶段的研究进展。最后概括了合成生物燃料所面临的困境,主要包括原料的供应及成本,新型液体生物燃料产量低和产品种类少等问题,并提出相应的解决办法,以二氧化碳作为主要原材料,结合自养型微生物及甲基营养型微生物等细胞工厂,通过优选固碳途径、转化二氧化碳为甲醇等低碳底物及多能源耦合等方式实现多种生物燃料的合成,以期扩大生物燃料的产能及应用范围,进一步推动新型生物燃料的产业化进程。

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    18. 工程化细胞外囊泡的设计合成与生物医学应用
    刘夺, 刘培源, 李连月, 王雅欣, 崔钰惠, 薛慧敏, 王汉杰
    合成生物学    2024, 5 (1): 154-173.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-010
    摘要2030)   HTML128)    PDF(pc) (2668KB)(2340)    收藏

    近年来,细胞外囊泡因其与疾病发生发展密切相关而受到越来越广泛的关注。随着细胞外囊泡参与生命功能调控的机制被不断解析,利用细胞外囊泡作为药物载体,用于靶向治疗的工作也相继开展。细胞外囊泡作为药物载体,与人工载体相比,具有高生物相容性、低免疫原性和良好的生物膜融合能力,同时有着参与细胞通信的归巢效应等天然优势。然而,细胞外囊泡的生物医学应用也存在表面修饰复杂、包载能力差、产量较低等问题,导致使用范围严重受限。工程化细胞外囊泡是指对天然细胞外囊泡进行人工改造,使其能够特异性靶向受体细胞或组织,实现所包载功能分子的精准递送,并支撑可放大生产的模式,从而展现出广阔的生物医学应用前景。合成生物学技术的引入,可实现底盘细胞的从头设计再造,支撑细胞外囊泡的标准化、模块化合成。本文首先概括了工程化细胞外囊泡的表面修饰、工程化细胞外囊泡的功能分子包载的方法和应用;其次总结了工程化细胞外囊泡的生产制备,如提升细胞外囊泡产量的工程化策略、细胞外囊泡的放大生产与提取纯化等;最后展望了合成生物学通过改造底盘细胞基因组、人工设计囊泡表面蛋白、调控分子包载的细胞过程等定制化合成细胞外囊泡的前景。合成生物学技术的发展与使用可推动工程化细胞外囊泡的定制化设计与合成,将进一步精细控制其属性、提升其效能、拓展其应用,争取将其早日广泛应用于人类健康事业。

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    19. 引导编辑研究进展及其应用
    许志锰, 谢震
    合成生物学    2024, 5 (1): 1-15.   DOI: 10.12211/2096-8280.2023-038
    摘要1943)   HTML158)    PDF(pc) (2307KB)(1568)    收藏

    引导编辑器(prime editor,PE)是继碱基编辑器(base editor,BE)之后新问世的基于CRISPR/Cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated)系统的基因编辑工具,可以在不造成DNA双链断裂的情况下引入碱基替换、插入和删除。PE因其全面的编辑能力,问世即受到全球学者的广泛关注,然而PE表达盒编码较长(>6 kb)、编辑效率较低等问题也亟待研究人员解决。PE的研究方向与BE有许多相似之处,本文首先梳理了学界对PE本身编辑效率和安全性的探索;然后重点介绍了PE效应蛋白、pegRNA和其他细胞因子三个方面对PE的改进手段,以及为方便PE应用而开发的自动化设计工具;最后梳理了PE在动植物以及基因治疗中的应用。方兴未艾的PE领域尽管还难称完善,但在提高编辑效率和改进安全性等方面已取得了许多重要进展。鉴于Cas9、BE等基因编辑工具已广泛应用于遗传病疗法,PE走向遗传病治疗值得期待。

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    20. 体外生物转化(ivBT):生物制造的新前沿
    石婷, 宋展, 宋世怡, 张以恒
    合成生物学    2024, 5 (6): 1437-1460.   DOI: 10.12211/2096-8280.2024-004
    摘要1933)   HTML208)    PDF(pc) (2717KB)(2084)    收藏

    人类社会的重大挑战(如粮食安全、能源安全、气候变化与双碳目标等)驱动全社会寻求创新型技术解决方案。体外生物转化(in vitro biotransformation,ivBT)是介于微生物发酵与酶催化之间的新质生物制造平台,多酶分子机器是其超限生物催化剂。它基于大道至简原则,利用多个天然酶、人工酶以及(仿生/天然)辅酶等重构生化途径,摆脱生物体生存局限(如细胞复制、基础代谢、复杂调控和能量供给等),超越细胞合成极限,实现重要生物转化与超限能量转换,尤其是生产低值大宗产品与新能源产品等。工业生物制造的三个平台技术分别是基于细胞工厂的发酵、基于酶分子的生物催化与基于多酶分子机器的ivBT。本综述对ivBT给出明确定义,阐明其多酶途径设计原则与产业化技术研发路径,比较该平台与现有生物制造平台相似性与不同点,介绍多个代表性案例,以及讨论其未来的机会与挑战。ivBT技术发展采用设计-构建-判决-优化的线性策略,开发能够满足国家需求的超高效多酶分子机器。利用ivBT有望形成超过30万亿元生物产品的工业生物制造,助力实现人类社会的多项重要需求,如粮食安全、新型能源体系等。人造淀粉不仅可以帮助中国端牢粮食饭碗,而且将是一个全新且安全的高密度储氢载体(比压缩氢气高2.5倍)与高能储电介质(比锂电池高10倍)。

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